IgA腎症と診断されても、重症度基準を満たさなければ指定難病の医療費助成は受けられません。
その場合でも、年齡や所得によっては下記の制度が使えますので、参考までに。
こちらは腎生検入院や扁桃摘出術入院でも使えます。もちろん、他の病気や怪我でも使えます。
・高額療養費制度
治療にかかった医療費の自己負担額が高額になった場合、一旦全額を病院の窓口で支払って、その後、加入している健康保険の保険者に申請することにより、一定の金額（自己負担限度額）を超えて支払った医療費について給付を受けることができる制度です。自己負担限度額は年齢や所得に応じて決まります。
高額療養費制度について、詳しくはこちら
・限度額適用認定証
「高額療養費制度」では、後から払い戻されるとはいえ、一旦全額を支払わないといけません。「限度額適用認定証」を病院の窓口に提示すると、1か月（1日から末日まで）の窓口支払いが、自己負担限度額までとなります。認定証は、加入している健康保険の保険者より交付を受け、必ず病院の窓口に提示する必要があります。
限度額適用認定証について、詳しくはこちら
＜手続き先＞
国民健康保健：各市町村の国民健康保健担当課
社会保健：保険証に記載された健康保険組合・共済組合・健康保険協会
病院の事務には制度について詳しい方がいらっしゃると思うので、分からないことがあれば相談してみてください。
私が通院している病院では、国民健康保険に加入している場合は、入院費が自己負担限度額を超えそうかどうか調べてもらえるようでしたよ。