【忍者】世界征服を目論むブライアンの片腕、甲賀忍者の 虎大介は、日本人博士が開発した奇跡のワクチンが 封じ込められた”箱”を奪うため、博士の殺害を実行する。 しかし、箱を開けるための謎を解く唯一の鍵はコピーという 男にあった。 伊賀流くノ一の響、そして伝説の忍者から世界を救う 使命を帯びた伊賀忍者の末裔シウリン、“箱”とコピーを巡って 3人の忍者の壮絶な戦いが、いま幕を開ける・・・。