スマホにインストールしていた、Google Authenticatorで認証していたのですが、
機種変更をしたので、機種変更をする前に設定を解除して、機種変更後に再設定を行いました。
設定方法は、以下のURLに書いてあります。
多要素認証（MFA）仮想デバイスの有効化
http://docs.aws.amazon.com/ja_jp/IAM/latest/UserGuide/id_credentials_mfa_enable_virtual.html
設定をしたまま機種変更をして、ログインできなくならないように注意してくださいね。