以前も触れた内容だが、FF４はSFC版、DS版とプレイしてます。
そのうえで、GBA版との違いとして、パーティーキャラクターのメンバー入れ替えと追加ダンジョンについて触れたいと思います。
メンバー入れ替え可能になるタイミング
バブイルの巨人をクリアした後、男塾なみに死亡確認したメンバーが顔出しするイベント後に可能になる（テラだけはガチでお亡くなりになっています）
ミシディアの一番上の天文台のようなマップに全員集合しているので、加入したいキャラクターに話しかけると交換可能。
セシルのみ主人公補正の加護によりパーティー固定なので、正直言うとセシルも交換したかった。
エクストラダンジョン
貴重なアイテムや各キャラクターの最強装備がバンバン手に入る夢のようなダンジョン。
全制覇するころにはある程度、変なパーティーにしていても安定するが、初突入時は真面目にガチ目のパーティーにしないとキツイ。
構成としては３階（いくつかの中からランダムで選ばれる）→キャラクター部屋→３階→キャラクター部屋、を全キャラクター分繰り返して、最後にゼロムスの進化版みたいなゼロムス：EGと戦う感じ。
キャラクター部屋には入場条件があり、その条件が以下の通り。
・ラストダンジョンをクリアした時に編成していたメンバー分のみ鍵が開いている。
・鍵が開いていても対応するキャラクターが居ないと中に入れない。
クリアすると対応キャラクターの強アイテムと奥義書というものが手に入る。
奥義書はゼロムス：EGを弱体化できるお助けアイテム。
・一度クリアするとゼロムス：EGを倒すまでは入れなかった（奥義書持ってる、対応している部屋は入れなかったかもしれない）
キャラクター部屋も難易度がピンからキリで、選択肢を間違えたり、結構やり直しが面倒くさいイベントをやらされるので、素直に戦闘のみのキャラクターは二回目以降も楽。
しかし、二回以上やるメリットとしては、金のリンゴやソーマのしずくが手に入ることもあるので、やめられない止まらない感じになる。
また、３階ランダムフロア→キャラクター部屋のダンジョンを繰り返す上で、ランダムフロア次第では、選択肢によっては確定で金のリンゴが手に入るので、魔導士系のキャラクターもHPが安定する。
面倒くさい選択肢イベントに対してのWiiUのメリット
これはWiiUならではのメリットだが、WiiUでGBAのゲームをすると通常のセーブとは別で、画面保存が行えるので戦闘中はもちろん、選択肢の直前でセーブが行えるので、やり直したいときは直前からやり直せるメリットがある。
詰み将棋のようなジャンプタイミング戦闘などもあるので、かなり役に立った。
カインの部屋は長々とイベントを見せられた後に上記のクソ戦闘があるので、全滅でやり直すのは５～１０分弱の時間のムダになるので、マジで恩恵を感じられます。
あとローザの看護イベントも、時間制限ありの看護をさせられるので、うっかり話す人を間違えたりしてもすぐにやり直せるので安心です。
ダンジョン最新部のランダムフロアでも、ブラキオレイドスというこの作品で一番強いモンスターが登場するが、エンカウント前に仮面保存しておけば、安心して戦うことが出来るのです。
最終的に使っていたメンバー
・セシル
こいつは固定なので止む無く。
変更可能だったら交換している。
・ヤン
HP、攻撃力が頼りになります。
行動の順番も早かったと思う。
初めて月に行く時からラストダンジョン、エクストラダンジョンと安定して強かったし、エクストラダンジョンで手に入るアクセサリーを付けると【ためる】の威力が２倍から３倍になるので、敵によっては【ためる】が輝きます。
・カイン
回避＆アタッカー
少しくらい格上の敵でも【ジャンプ】すれば敵の攻撃を避けられるので、かなり助かりました。
彼の最強武器のランスオブアベルは、たまにトルネドが発動、素早さも早いので、雑魚戦でも使いやすい。
竜騎士の小手というアクセサリーも【ジャンプ】が【Wジャンプ】になるので火力が伸びます。
・ローザ
回復要員１
エクストラダンジョンで入手できるアクセサリーの白の指輪がなかなか優秀。
【いのり】が【きせき】になる効果で、【きせき】は失敗無しで【いのり】より回復量が増えるので、道中はこれをしておけば安定する。
・ポロム
回復要員２
回復できるキャラクターが二人いるだけで、難易度が２段階ほど下がる。
しかもリフレクやヘイスト等、状況に応じて役割分担できるのが強力。
以上の面子の安定感が強すぎて、ブラキオレイドス以外全員雑魚という印象。
流石にブラキオレイドスはレベル上げまくって、行動パターン覚えて、試行錯誤しまくった。
ブラキオレイドス戦はカインのジャンプとローザとポロムのリフレクトと回復、ヤンのHPの高さが攻略のカギになりました。
セシルは何してたか覚えてません。
他のキャラクターについて
・リディア
普通に強いです。
召喚も黒魔法も有用。
エクストラダンジョンでも途中まで使っていたのだが、体感で強敵は黒魔法や召喚魔法を当てると手痛い反撃があるので、ミシディアに帰ってもらいました。
ただ、彼女のエクストラダンジョンで入手できるアクセサリーのミストリングが使い勝手が良い。
クリア後のエクストラダンジョンを周回するときに便利で、効果はミストドラゴンを召喚すると、味方全員にブリングの効果がかかるので、打撃がウザい敵キャラと遭遇した時は重宝します。
・エッジ
二刀流なので、火力が高く素早さも早いのだが、いかんせん撃たれ弱いので事故りやすい。
彼のエクストラダンジョンアクセサリーは半蔵の小手で【盗む】が【ぶんどる】になるだけ。
エクストラダンジョンで嫌というほど貴重アイテムがたまるので、恩恵がまったく感じられないです。
・ギルバート王子
僕は使ってなかったのだが、攻略サイトによると本作の最強キャラクター。
レベルアップ時のステータス上昇を厳選すると、素のステータスが全キャラクター中、一番強くなるそうです。
僕のデータでは、大勢の人が認識している通りの強さなので、彼以外の４人で安定して全クリできる強さになるまで、お留守番でした。
一応彼の場合、エクストラダンジョンのアクセサリーで【うたう】が【熱唱】になり、全員にプロテスとシェルが掛かるので、真面目に厳選して育てればバフもできる最強キャラになるようです。
・シド
攻撃力とHPは高いのだが素早さが低いのが致命的。
キャラクターは好きなのだが、火力高いキャラが多い中、素早さが低い彼を使う理由はないです。
さらに彼の最強武器はフレアスレッジといって追加でフレアが発動するのだが、威力が低いため微妙。
・パロム
普通に強いがリディアと違って召喚魔法が使えないので、リディアの下位互換感が否めない。
同じ理由でポロムもローザの下位互換感があるので、僕の最終パーティーの交換候補は大体ポロムになる。
エクストラダンジョンで手に入るツインスターズを二人に装備させると、この双子の固有スキル【ふたりがけ】でWメテオが発動する。
しかし詠唱時間異様に長いので、試しに一回使って以来、二度と使うことはない。
ちなみに各キャラクターの部屋で、２回目以降の報酬が美味しいのはヤンの部屋（銀のりんご）とリディアの部屋(ソーマの雫)とパロムとポロムの部屋(金のリンゴ、銀のリンゴ)なので、安定するならこの４人で周回するのが効率がいい。
とはいえ、ブラキオレイドスを倒せる段階でこのゲームでやることは自己満足のステータス上げしかないので、ブラキオレイドスを倒したあたりがこのゲームの潮時。
ゼロムス：EGについて
びっくりするくらい弱いです。
ブラキオレイドスのせいで、より強いのかと警戒して、ブラキオレイドスを倒せるようになるまで戦わなかったのですが、ブラキオレイドスを倒せる強さのころには雑魚になってます。
その上、奥義書を使うとカエルになったり小人になったりと、ただのいじめになるので、ブラキオレイドスはいったん無視して戦った方が、楽しいと思います。
気力のある人は、バブイルの巨人をクリアした後で別スロットにセーブデータを残しておいて、そこから月のラストダンジョンやゼロムス：EG戦を色々なパーティーで挑む等の縛りプレイを楽しむことなんかもできると思う。
エクストラダンジョンの各キャラのイベントなのだが、初見のはずなのに既視感があるイベントがいくつかあった。
特にローザとカインのイベントが何となく覚えがあるので、もしかしたらDS版で同じイベントを流用していたかもしれない（うろ覚え）
とはいえ、各キャラに追加でイベントがあることに違いはないので、ボリュームとしては1,000円弱で遊べる範囲を軽々と超えていて、満足感も半端ないです。
記憶を頼りに殴り書きしたので、間違っている部分があるかもしれないが、おおよそこんな感じです。