コズミック・イラ（C.E.）71年6月15日、大西洋連邦を主力とする地球連合軍とオーブ連合首長国によるオノゴロ島の攻防戦の中、シン・アスカはたった1発の砲弾で家族を失った。妹マユが落とした携帯電話を握り締め、シンは自らの非力さに絶望する。
その後、地球連合軍とザフト軍による大戦（第1次連合・プラント大戦）は、第二次ヤキン・ドゥーエ宙域戦、ユニウス条約の締結を経て、一応の停戦を見た。しかし、両陣営間の争いの火種は消えることはなかった。
一年半にも及ぶ戦争を停戦へと導いた英雄キラ・ヤマトは、その後MS（モビルスーツ）を降り、共に戦い抜いたマリュー・ラミアスとアンドリュー・バルトフェルド、恋人のラクス・クラインと孤児たちと共に、オーブの僻地で隠居生活を送っていた。同じく、停戦に貢献した元ザフト軍人でキラの親友アスラン・ザラは「アレックス・ディノ」と名を変え、オーブ代表首長となったカガリ・ユラ・アスハのパートナーとして公私をサポートしていた。
停戦から2年後、C.E.73年10月2日。プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルとの非公式会談のため、新造艦ミネルバの進水式の準備が進むL4 アーモリーワンを訪れたカガリとアスラン。だがその最中、ザフトが開発した新型MSカオス、ガイア、アビスが何者かに強奪され、周囲は混乱に陥る。これを阻止すべく、ミネルバからも新型機インパルスが出撃。そのパイロットは、プラントに渡りザフト軍に入隊したシンであった。アスランはカガリを守るため近くに放置されていたザフトの新型量産MS・ザクウォーリアに搭乗し、3機のガンダムと戦うが、性能で勝る3機を相手に苦戦を強いられ、ミネルバに避難する。
新型機を強奪したファントムペインを追い、カガリとアスランを伴ったままミネルバは出撃する。だがそんな中、安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球への落下コースに乗ったという報せが入る。それは、ナチュラルへの憎しみを募らせ続けるザフト脱走兵たちの仕業だった。しかも、この事件を利用しようと暗躍する者達も動き始め、世界は再び混乱と戦火に包まれるのだった。
ウィキペディアより抜粋
SBC・信越放送、MRO・北陸放送、SBS・静岡放送、RCC・中国放送、MBC・南日本放送では1週遅れの土曜17時30分から放送されました。
CBC・中部日本放送、RSK・山陽放送では2005年3月までは1週遅れの土曜17時30分から遅れネットでしたが、2005年4月からは同時ネットに移行しました。