コンバーターのバグで今後修正されるそうですが
ネストしたMovieClipである条件の時に書き出されるTextureがおかしくなる現象が起こりました
100%の大きさが128*128とした場合
そのMovieClipがタイムラインに最初に登場する時に
64*64以下の大きさにリサイズした状態だと
Textureの書き出しが64*64のエリアになってしまうようです
解決策は大きさが切れてしまったTextureを持つMovieClipをリンケージすることです
ネストしたMovieClipで変形を多様している場合は
コンバートした後のTextureを一度チェックした方がよさそうです
あと、これは蛇足ですが
pngなどにリンケージをつけるとコンバートできなくなります
(ちょっとはまったｗ)