｢フンコ(糞跨)｣。｢うん｣は腸からの排泄物を意味する｢糞｣の音(オン)｢フン｣の子音脱落。｢コ｣は｢跨｣の音(オン)であり、意味は、またぐ(跨ぐ)。馬に乗る動作を｢跨｣と表現したりします。｢糞｣に対しその｢跨｣の状態になることが｢フンコ・うんこ｣。つまり、これは排便の動作を(体から出すということは直接に言わないという意味で婉曲的に)表現したもの(漢語にはこれはないと思います。つまり、漢語を利用しての日本での造語)。｢うんこする｣。これがそれによる排泄物を意味するようになった。
この語の語源は一般に｢こ｣は愛称のようについているもの、｢うん｣は排泄の際の息張る唸り声のようなものと言われています。
｢うんち｣は｢うんチン(糞鎮)｣。｢うん(糞)｣は｢うんこ｣の影響によりそれで腸からの排泄物を意味したもの。｢チン(鎮)｣は、｢鎮座(チンザ)｣のそれであり、静かに落ち着いて坐しているような状態になること。動き回る幼児に対し、ここにおとなしくすわっていなさい、という意味で言う『おちん(御鎮)』がありますが、それの影響もあり排泄行為が｢うんちん｣と表現された。｢うんち｣は｢うんこ｣の幼児語と言われるわけですが、幼児期にそう言われたということであり、幼児が言い出したというわけではないでしょう。
漢字では、腸からの排泄物を表す語に｢糞(フン)｣と｢屎(シ)｣(→｢屎尿(シネウ・シニョウ)｣)がありますが、印象としては｢屎(シ)｣の方が表現が直接的で汚らしいようです(｢糞(フン)｣の方が公的な印象のある言い方のようです)。