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イスカンダルへの大航海から３年。地球は、ガミラスと和平条約を締結。復興の傍ら、軍拡への道を歩み始めていた。そんな中、テレサの祈りがヤマトを新たな航海に誘う。
「ヤマト、彗星帝国を攻略せよ!」
彗星都市帝国に放たれるトランジット波動砲。
地球を背にヤマトは最後の決戦を挑む。
大いなる和の縁ーーガミラス艦隊、そして桂木透子の協力を得て、都市帝国内部へと侵入を果たすヤマト。
目指すは大帝玉座の間。 多くの血が流れ、多くの犠牲を払い、古代はズォーダーの元へと辿り着く。
