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イスカンダルへの大航海から３年。地球は、ガミラスと和平条約を締結。復興の傍ら、軍拡への道を歩み始めていた。そんな中、テレサの祈りがヤマトを新たな航海に誘う。
「宿命の対決!」
いまだヤマトには正体不明のスパイが潜んでいた。
空間騎兵隊が怪しまれるなか、疑惑を否定することができずに斉藤は苛立つ。
やがて決戦に向けて、緊急改装を行ったヤマトが発進した。
その針路を塞ぐように現れる〈ノイ・デウスーラ〉。
何を想いデスラーは、ヤマトと相対するのか……。
