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イスカンダルへの大航海から３年。地球は、ガミラスと和平条約を締結。復興の傍ら、軍拡への道を歩み始めていた。そんな中、テレサの祈りがヤマトを新たな航海に誘う。
「悪夢からの脱出!!」
地球=ガミラス連合艦隊の奮戦虚しく、都市帝国は火星絶対防衛圏を突破しようとしていた。
山南が重力圏に捕らわれたヤマトの存在を確信した一方で、ＡＩは人類存続の為の［Ｇ計画］を発令。
銀河に戦線離脱を命じた。
艦長の藤堂早紀は、機械の命令とヤマト救出との間で選択を迫られる。
