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銀河鉄道管理局「特務情報部」と管理局の非公認組織である「九人会」が存在していた。
特務情報部は非公開情報を収集したり、非公開計画を実行することの出来る部署である。

裏計画として、銀河鉄道の走る宇宙と未確認の別宇宙を「次元断層ホール」を利用した
「銀河鉄道網・別宇宙への路線拡大」計画を非公開で実行されていたが、
別宇宙で作動中のシールド掘進機は、次元断層の中に迷い込んでしまう。
そして、製作中だった「シールド掘進機」の製作は中止になり、計画も中止となる。

コチラの宇宙では「シールド掘進機」による「次元断層ホール」計画が中止となっても、
別宇宙では作動しているシールド掘進機。
そのため、別宇宙に存在する武装軍団「アルフォート星団帝国軍」の将軍・フォレシスが
発言しているように別宇宙では、いろんな事に影響によって、環境に干渉・影響が起きていた。

アルフォート星団帝国軍を阻止した後も、シールド掘進機の影響は、コチラの宇宙にも起きていた。
頻繁に次元断層が発生し、銀河鉄道の列車が巻き込まれて、行方不明になる事が多くなる。

又、アルフォート星のある別宇宙とは違う別宇宙でもシールド掘進機の影響を与えていた。

この裏計画は、コチラの宇宙だけではなく、さまざまな別宇宙にも被害を出していた。