無限に広がる大宇宙。
かつて、宇宙には生身の人間が機械化生命体に変えるという出来事が存在していた。
そして、人間が機械化人になるには、莫大なお金持ちしかなれなかった。
しかし、あるうわさが流れた。
・・「宇宙には機械の身体をタダでくれるという惑星がある。
その惑星に行くには、銀河鉄道に乗っていかなくてはならない」と。

・・銀河系の太陽系に存在する「地球」に住む貧しい親子がいた。
星野鉄郎と母・加奈江だ。
母は機械伯爵の「人間狩り」で殺されてしまう。
鉄郎はメーテルという女性と出会い、999号の定期をもらい、一緒に宇宙に旅立つ。

機械化女王でメーテルの母であるプロメシュームと機械化惑星を破壊した鉄郎は地球に戻る。
そして、新たな支配者が現れ、危険分子として鉄郎を分子破壊させられかけた時、
999号とメーテルたちに助けられ、再び、宇宙に旅立った鉄郎。
そして、一緒に乗り込んだ一匹のネコ・ミーくん。

実は、星野家では、昔、ネコを飼っていたらしい。
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名前もミーくんで、一緒に乗り込んだミーくんに似ている。
・・一緒に食べ物を分け合っていたが、ネコのミーくんは体力が無くなって、亡くなったらしい。