社内の公用語が英語、という企業が増えてますよね。
わたしの職場は、公用語というものはないけれど、英語、伊語、日本語が混ざっています。
言葉の違いから誤解した受け止め方があるし、伝わってしまった経験もあります。
日本語の「お疲れ様」に代わる言葉としては、
とりあえず、挨拶は感謝の言葉と、また明日会いましょう！が妥当でしょう。
相手の外国人が日本語で言ってくれている言葉があるのなら（特に挨拶が多いから）、
その言葉から使うようにしたら、自然な会話に近づけると思う。
「いってらっしゃい」「お帰りなさい」にあたる言葉がみつからなくて困った。
出かける時は、「あとで会いましょう。じゃあ！」がそれにあたるかな。
帰ってきた時は、まだよくわからないけれど、
軽い挨拶の後、気候の話につなげると会話が自然。