https://hashigozakura.wordpress.com/2014/06/13/ｓｔａｐ細胞、dna解析で遠藤高帆上級研究員らが/
染色体異常
http://ja.wikipedia.org/wiki/染色体異常
異数体（数的異常）と呼ばれる、染色体の不足あるいは過剰による異常。不完全な染色体の分離によって引き起こされることが多い。通常、染色体は2本で対をなしているが、これが1本になるのが「モノソミー」、3本になるのが「トリソミー」、4本になるのが「テトラソミー」、5本になるのが「ペンタソミー」である。ちなみに2本ある正常染色体はダイソミーという。まれに3倍体や4倍体などの倍数体がある。
解析結果の出た直後の記事↓
＜ＳＴＡＰ細胞＞論文ではありえない染色体 研究員ら解析
毎日新聞 6月11日(水)19時43分配信
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140611-00000075-mai-sctch
論文不正が認定されたＳＴＡＰ細胞のものとして公表されている遺伝子データを解析した結果、論文に書かれた作製法ではありえない染色体の特徴を持つことが、理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆（たかほ）上級研究員らの解析で分かった。見つかった特徴は、既存の万能細胞「胚性幹細胞（ＥＳ細胞）」に多く見られるため、専門家の間では「ＳＴＡＰ細胞は存在せず、ＥＳ細胞だった可能性も出てきた」との声が上がっている。
分析したのは、インターネット上に小保方（おぼかた）晴子・理研研究ユニットリーダーらが公開しているＳＴＡＰ細胞に関する複数の遺伝子データ。染色体は通常２本１組だが、いずれのデータでも８番染色体が１本多い３本ある「トリソミー」と呼ばれる状態だった。８番染色体がトリソミーのマウスは、胎児のまま死んでしまい、生まれてくることはない。
論文では、生後１週間のマウスから取り出したリンパ球を使い、ＳＴＡＰ細胞を作製したと説明している。このため、生まれてこないマウスの遺伝子データがＳＴＡＰ細胞のものとして公表されていることは、論文の記述と矛盾する。
一方、長期培養するＥＳ細胞では、８番染色体のトリソミーが生じやすい。菅野純夫・大教授（ゲノム制御医科学）は「ＳＴＡＰ細胞は本来、元になったマウスの染色体の特徴を反映しているはずだ。解析結果を信じるならば、生きたマウスから作ったとは考えにくく、ＥＳ細胞をＳＴＡＰ細胞として使った可能性もある」と話す。
これまでに、ＳＴＡＰ細胞から作ったＳＴＡＰ幹細胞の分析で、元のマウスと異なる不自然な特徴が指摘されているが、小保方氏側は「詳細はＳＴＡＰ幹細胞を樹立した若山照彦氏（現・山梨大教授）に聞いてほしい」と反論していた。一方、ＳＴＡＰ細胞は基本的に小保方氏が１人で作製していたとされる。小保方氏の代理人、三木秀夫弁護士は毎日新聞の取材に「（小保方氏は）主治医より『（取材）対応をやめて静養に努めること』と指示を受けている」として回答しなかった。【須田桃子】
論文の「生後１週間のマウスから取り出したリンパ球」→染色体異常のネズミは生まれてくることはないので、リンパ球を取り出すことは不可能と（笑）
そうすると、長期培養したES細胞（生まれた後に染色体異常が起こったもの）を、STAP細胞と称して若山氏に渡したと言うことか。
酸に浸すと、通常のESよりサイズが小さくなる云々指摘されてましたね。
ES（若山研？）＆TS（丹羽研？）のまぜまぜが濃厚かな（笑）
論文が正式発表されてからの記事↓（上と内容は同じ）
ＳＴＡＰ「ＥＳ細胞に酷似」理研研究員、遺伝子解析し論文発表
2014.9.24 05:10 サンケイ
http://sankei.jp.msn.com/science/news/140924/scn14092405100001-n1.htm
理化学研究所の小保方（おぼかた）晴子研究ユニットリーダー（３０）らが発表したＳＴＡＰ細胞は、別の万能細胞である胚性幹細胞（ＥＳ細胞）に酷似しているとの遺伝子解析結果を理研統合生命医科学研究センター（横浜市）の遠藤高帆（たかほ）上級研究員がまとめ、２３日までに日本分子生物学会誌（電子版）に論文が掲載された。
理研広報室は「ＳＴＡＰ細胞の存在を否定する論文だが、細胞の存否は検証実験や残された試料の解析なども踏まえて総合的に判断する」としている。
遠藤氏はＳＴＡＰ論文（撤回済み）に併せてインターネット上に公開された遺伝子データを独自の手法で解析。一塩基多型（ＳＮＰ）と呼ばれる遺伝子の塩基配列の違いを調べた。
ＳＴＡＰ細胞には８番染色体が通常の２本ではなく３本になる異常があった。この異常があるマウスは胎児の段階で死ぬはずだが、小保方氏らは生後約１週間のマウスからＳＴＡＰ細胞を作ったと説明していた。
この染色体異常はＥＳ細胞を培養するとよくみられる現象で、遠藤氏は「ＳＴＡＰ細胞はＥＳ細胞に非常によく似ている」として、ＥＳ細胞が混入した可能性を指摘した。
ＳＴＡＰ細胞に増殖能力を持たせ、胎盤にも分化できるとした幹細胞は２種類のマウス系統の雑種から作ったとされたが、解析でその特徴はなかった。幹細胞はＥＳ細胞に加え、胎盤を形成する栄養膜幹細胞（ＴＳ細胞）という細胞も混じった可能性があるとした。
より詳しい解説と言うか↓
日経サイエンスとNHKは良い仕事していると思ったら、日経サイエンスは古田氏の功績かな。
本職の科学者が調べれば、ツッコミどころ満載なのでしょうね（笑）
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
科学でメシ食ってますが研究してません。量子力学と医学の二股かけてます。日経サイエンスの記者兼編集者。もっぱら古田個人が思ってることをつぶやいており、会社の見解を語ってるわけじゃないです。
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
以下連ツイします。遠藤高帆氏の論文を読む。
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
タイトルに「STAP細胞」の文字はないが，これは解析に際して遠藤氏が作った手法を報告する形で書かれているから。RNA-seq データにおけるSNP（ゲノム配列に生じる一塩基の変異）を抽出して解析し，細胞の元マウスの系統や染色体異常を調べる手法は，遠藤氏の発案によるものだ。（1）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
解析のために作ったプログラムが公開されている。https://github.com/takaho/snpexp （2）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
解析結果は，これまで報じられた内容から変わらない。小保方氏らの公開データよれば，STAP関連細胞は129マウスとB6マウスを交配して作った雑種マウスの細胞。だがFI関幹細胞のSNPをこの手法で調べたところ，雑種のパターンにはならなかった。（3）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
Fi幹細胞について実際に得られたパターンの説明として最も考えられるのは，「遺伝子的にB6」のES様細胞と，「遺伝子的にCD1」のTS様細胞の2種類が混在していたというものだ。後者は全体の10％以下と見積もられた。（4）
＞○○様細胞：○○と同様、特徴的な振る舞いを示す細胞。断言は避けるが、同じと言うことでしょう。
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
訂正再送）またSTAP細胞の8番染色体にトリソミーという染色体異常が生じていた。これは新生仔マウスの脾臓細胞からSTAP細胞を作ったとの説明に合わない。マウスは8番トリソミーがあると胚の段階で致死。「ゆえにこの細胞はES細胞に極めて良く似た性質を持つ培養細胞だと結論される」（5）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
論文は3人のレフェリーが査読した。近いうちにオープンアクセスになり，誰でも読めるようになる見通し。比較的平易に書いてあり，専門外の人が読んでも中心的な主張はわかると思う。（6）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
論文の提出後，STAP細胞論のデータの論文撤回を待たずして取り下げられた（当時それを見越した遠藤氏がデータのダウンロードを呼びかけている https://twitter.com/caripso/status/482684779389677569 ）このため論文の内容をどう保証するかが問題になった。掲載に時間がかかった理由の1つはこれ。（7）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
幸い，データは数日後に再び公開された。今回解析されたデータが確かにSTAP論文のデータであることは，STAP論文の責任著者である若山照彦山梨大学教授が確認している。遠藤氏の,解析を，同じデータで検証することが可能。（8）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
論文の謝辞が興味深い。冒頭で，慶応大学の吉村昭彦氏のブログ http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=344 を挙げており，ここからSNP解析の示唆を得たことが伺える。（9）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
草稿は5月にSTAP論文の共著者に送られたが，若山照彦氏と丹羽仁史氏からはコメントがあった。また理研（横浜）の谷内一郎，Nyambayar Dashtsoodol，早津徳人，Jafar Sharif，磯野協一氏ら，理研（和光）の中川真一氏らがデータ提供や議論に応じている。（10）
＞STAP論文の共著者では、若山氏と丹羽氏が科学者としてマトモと言うことかな（笑）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
理研の公式サイトに論文発表についての記載は見当たらない。今に始まったことではないが，随分とつれない扱いだ。解析結果が理事長と理事らに報告されたのは5月22日だが，理研は改革委委員会にも報告せず，報道などで解析を知った改革委が，土壇場で遠藤氏を呼んでヒアリングした。（11）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
本来，理研の調査委員会が行うべきだった調査である。遠藤氏でないとできなかった部分はあると思われるが，最初から正式な論文調査の一環として委託し，調査すべきだったと考える。理研が何らサポートしないばかりか，報告すら無視する姿勢を取り続けたことをは理解に苦しむ。（12）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
最初から調査委の主導で行っていれば，若山氏のSTAP幹細胞調査（これも氏らが自ら行っている）や，CDBに残された細胞との関連も，今頃明らかになっていただろう。外形的な疑義に調査を限定し，肝心のSTAP細胞には触れずに済ませようとしたせいで理研が失ったものは，凄く大きいと思う（了）
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
理研はリリースを出すべきだ。遠藤氏の結果は何度もマスコミに報じられ、竹市センター長と広報が再三、否定的なコメントを出している。科学の手続きを踏んで査読誌に発表されたからには、社会と科学コミュニティに判断材料として提供する必要があると考える。
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
（承前）小保方氏のコメントは公式サイトに掲載し、遠藤氏の論文は無視するというのは通らない。第一、所内でも所外でも、発表前からこれほど注目度の高い研究はそうはない。 @_shiroyagisan
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
ここ数日で新たにフォローして頂いた方が多いので、遠藤高帆氏の解析についての解説記事を貼っておきます。３カ月前の記事ですが、内容は今回発表された論文と同じ。【号外】STAP細胞 元細胞の由来，論文と矛盾（2014年6月11日） http://www.nikkei-science.com/?p=42686
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
遠藤高帆氏の論文がオープンアクセスになった。サイトの右上「VIEW」からダウンロード可能。 http://www.researchgate.net/publication/265911643_Quality_control_method_for_RNA-
理研の立ち位置を、十分ご理解いただけたと思います。
問題を先送りして失敗した例として、歴史に刻まれそうな大失態である。
結局、簡単に出来ないなら、この研究をやる魅力があるのかどうなのか。
iPS（人工ESの作り方）とES（作った細胞の用途）の研究で、十分なのではないでしょうか。
【号外】STAP細胞 元細胞の由来，論文と矛盾
http://www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf
