１６日に市長選とともに投開票された兵庫県西宮市議補選（欠員３）で、いったん発表した中間票を取り消すトラブルがあった。このため得票確定は約２時間ずれこみ、１７日未明まで作業が続けられた。疑問票のうち有効と判定された票を二重に計上したのが原因で、当落を含めた候補者の得票順位に影響はないという。
市選管によると、疑問票は２段階の審査を経て有効票と無効票に分けられる。各候補の得票を集計する際、１段階目で有効となった票と２段階目で有効となった票を分類して入力することになっていたが、中間票発表後、一括して入力していたことが判明し、修正。
この際、先に入力した票がシステム上の問題で削除されず、中間発表では、有効と判定された票を二重計上。最終的には、５候補のうち４人が中間票より得票が減る結果になった。
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