サン・ファン（San Juan）という名前は、1791年にこの地を訪れたスペイン海軍のフランシスコ・デ・エリザが、軍人で一時期ニュー・スペイン副王領（Viceroyalty of New Spain：1535年から1821年にかけて運営されたアジア・太平洋・北アメリカ・中央アメリカにおけるスペイン帝国副王領地）の総督を務めたJuan Vicente de Guemes に敬意を表して『Isla y Archiepelago de San Juan』（サンファン諸島）と名付けたことに由来しているという説がある。また、1787年にこの島々を発見したスペイン人探検家ロペス・デ・ハロがサンファンと名づけたと言われる。
1846年
イギリスがオレゴン・テリトリー（ワシントン州、オレゴン州、アイダホ州、モンタナ州、カナダのブリティッシュ・コロンビア州南部）の領有権を放棄。しかし、アメリカとイギリスはサンファン諸島の領有権をそれぞれ主張する状況になっていた。
1853年
イギリスのハドソンズ・ベイ・カンパニーがサンファン・アイランドにベレ・ビュー・シープ・ファームという牧場を設立。アメリカ人も入植を開始。サンファン・アイランドでのイギリスとアメリカの緊張は高まりつつあった。この頃、オーカス・アイランドにも入植者が増え始めた。肥沃な土地に目をつけた入植者は果樹の栽培を始め、数十年後にはリンゴやナシなどを本土に向けて出荷するようになった。
サンファン諸島
アメリカ陣営跡
1859年
ハドソンズ・ベイ・カンパニーの豚がアメリカ人のライマン・カトラーの芋畑を食い荒らし、カトラーがこの豚を射殺。ハドソンズ・ベイ・カンパニーが、「賠償しなければイギリス当局による逮捕もありえる」とカトラーを脅迫したと伝え聞いたアメリカ側は、同年7月27日にサンファン・アイランドに軍隊を送り込み、イギリスも3隻の軍艦を送り込んでアメリカを威嚇し戦争を避けようとした。その3ヵ月後、両国は紛争が解決するまでサンファン・アイランドを共有することで合意に至り、12年間にわたるブタ戦争（Pig War）が始まった。イギリスはサンファン・アイランド北部、アメリカはサンファン・アイランド南部にそれぞれ陣営を設置。戦争と言っても実際に戦闘があったわけではなく、両国は極めて有効な関係を築いたという。しかし、潤沢な資金で住みやすい基地を設立したイギリス軍に比べ、アメリカ軍の基地は粗末なもので、腐った屋根を取り替えることもままならない状態だったとされる。
1865年
ロペス・アイランドへの入植が始まる。開発が始まったのは1850年代。当初は木材業者が木材の伐採のために訪れていただけだった。
サンファン諸島
イギリス陣営跡
1872年10月21日
ドイツのカイザー・ヴィルヘルム1世が調停人となってアメリカに領有権があると決定し、ブタ戦争は終結。イギリスは軍隊を引き上げ、サンファン諸島は米国の領地となった。それぞれの陣営の跡は現在は観光地となっており、ビジター・センターでは当時の様子を描いたビデオを観ることができる。
1886年
インディアナ州シュガー・グローブ出身のジョン・S・マックミリン氏がサンファン・アイランドのロシュ・ハーバーを購入。
1890年
サンファン・アイランドのロシュ・ハーバーが石灰石の企業城下町として最盛期を迎える。
1905年
サンファン・アイランドを初めて自動車が走った。しかし、1920年代までは馬車が主に使われていたという。
1906年
ルーズベルト大統領、米海軍駆逐艦でサンファン・アイランド北部のロシュ・ハーバーを訪問。同大統領がホテル・デ・ハロ（現在のロシュ・ハーバー）で宿泊した客室（2A）は、現在は “Presidental Suite” と呼ばれる。
1909年
フライデー・ハーバーがサンファン郡の一部となる。人口はわずか500人だった。
1942年
サンファン・アイランドのホテル・デ・ハロが閉鎖される。
1956年
マックミリン氏の息子ポールが、サンファン・アイランドのロシュ・ハーバーの町をターテ一家に売却。
1960年
ホテル・デ・ハロが新装オープン。
2013年
オバマ大統領によって、サンファン諸島が国定公園（ナショナル・モニュメント）となる。また、世界最大の旅行サイト 『TripAdvisor®』 で旅行者のレビューや意見によって決められる米国の島ランキング（Travelers’ Choice 2013）にてハワイのカウアイ島やマウイ島、フロリダ州のキーウェストなどよく名の知られた島々を抑えて1位に選ばれた。
