日本に対するアメリカ合衆国からの要求は、日本の国益に合致していない場合もありうるため、日本の国益にかなう部分のみ協調すればよいと主張する。
「私は一日でも早く、一人でも多くの日本人が、アメリカに対する幻想を捨て、対米従属のくびきから逃れて欲しいと願っています」と語り、日米同盟強化を対米従属路線であると批判しているほか、敵基地攻撃能力保有論やミサイル防衛にも、中国などの周辺国を刺激して無用な軍拡競争を煽るだけで意味がないという立場から反対している。
2009年から2010年にかけての鳩山由紀夫政権時には、普天間基地代替施設移設問題を巡り、数多く登場した「鳩山ブレーン」と称される人物の一人として盛んにメディアに登場した。普天間飛行場のアメリカ海兵隊については機能分散移転論に立ち、鳩山に長崎県大村や福岡県築城等、九州各地の自衛隊施設内に海兵隊機能を分散して移転する案を提言したとされるが、採用されなかった。
なお孫崎本人は、反対者からよく嫌米や反米のレッテルを貼られることが多いが、本人は、『鳩山由紀夫 孫崎享 植草一秀 「対米従属」という宿痾（しゅくあ）』においても自身が反米や嫌米であることを一貫して否定している。
尖閣諸島・竹島問題
尖閣諸島中国漁船衝突事件を巡っては、日中間に領有権「棚上げ」合意が存在するとしたうえで、合意の存在を否定し日米同盟強化によって中国を牽制しようとする民主党の菅政権や外務大臣の前原誠司を、自身のツイッターなどで批判したほか、「日本も中国も自国の領土だと主張しています。
どちらもそれなりの根拠があるため、同盟国の米国も中立の立場を取っている」、「係争地であるという出発点に立たなければならない」、「（中国の歴史から見ると）すでに14世紀にはその軍事力が尖閣諸島一帯に及んでいたという史実があり、まったく中国の主張に根拠がないわけではない」、「日本人にとって受け入れがたい事実だが、尖閣諸島は日本固有の領土ではない。
尖閣諸島は”固有の島“でなく”係争地“であることを認識すべき。その中でどうするのが日本の国益に適うか、紛争に発展させないかを考える時。」と主張している。
2012年10月20日放送の「朝まで生テレビ」では「ポツダム宣言によれば日本の領土は本州四国九州北海道に局限される」、「カイロ宣言に『日本国ガ清国人ヨリ盗取シタル一切ノ地域ヲ中華民国ニ返還スルコト』とも書かれていると発言した。
竹島問題についても「米国でも‘リアンクール島’（竹島の米国名称）が韓国の領土となっていることを知る日本人は少ない」と発言している。
孫崎と関係の深い田中康夫の国会質問を、孫崎が賞賛し、一方で田中康夫も孫崎を畏友と呼び、かねてより絶賛している。
完全な親中派売国奴、共産主義者だな。日本人は親米か親中に分かれるが、日本は日本だろう！どちらかに従属しようとするな！