ハーレイ・クインはジョーカーとの破局後、心の傷を酒や短髪、ハイエナの飼育、ローラースケートでの格闘ダービーなどで紛らわせる日々を送っていました。しかし、彼女はジョーカーへの想いを断ち切る決心をし、ジョーカーのシンボルである「Ｊ」のチョーカーを引きちぎり、2人が出会ったエース・ケミカル工場を爆破してゴッサム中に独立を宣言します。
この爆破によって、ゴッサム市警のレニー・モントーヤは現場検証を中断され、シオニスが関与した殺し屋の仕業だと考えつつ、ハーレイとジョーカーの別れを知ります。独立宣言をしたことで、今までジョーカーを恐れて手を出せなかった連中から追われる立場となったハーレイは、次々と敵を倒していきますが、最終的にはシオニスに捕まってしまいます。
シオニスは過去にゴッサムシティで大虐殺を行ったマフィア、パーティネリファミリーの秘密口座の鍵となるダイヤを探していました。部下のビクター・ザーズとクラブの歌姫兼運転手のブラックキャナリーにダイヤの受け取りを依頼しますが、スラムでスリをしていた少女カサンドラ・ケインに盗まれ、ダイヤは彼女に飲み込まれてしまいます。
シオニスに捕まったハーレイ・クインは、自分ならダイヤを見つけられると自信満々で命を救われます。シオニスはハーレイの解放と同時にカサンドラに50万ドルの賞金をかけ、ゴッサム中で捜索を開始します。カサンドラと同じアパートに住むブラックキャナリーは、ゴッサム市警のレニー・モントーヤに連絡して彼女を救おうとします。
一方、ハーレイは警察署に襲撃し、スリで捕まっていたカサンドラを救出しようと奮闘します。警察や囚人、賞金稼ぎと戦いながらカサンドラを連れ出し、彼女はハーレイの勇敢な行動に感銘を受けて弟子入りを希望します。しかし、追っ手が次々に現れる中、ハーレイはやむを得ずカサンドラをシオニスに引き渡す決断をします。シオニスに遊園地での取引を指示し、カサンドラをトイレに縛り付けてダイヤを排泄させようとします。
遊園地に最初に到着したのはシオニスではなく、キャナリーから連絡を受けたモントーヤでした。しかし、キャナリーの裏切りを察知したザーズがシオニスにその情報を伝え、シオニスも遊園地に向かいました。
遊園地には、クロスボウを操るハントレスが現れます。彼女はシオニスの殺し屋と見なされていましたが、実はバーティネリー家の生き残りであり、幼少期にザーズに慈悲をかけられ、殺人鬼として育てられた復讐者でした。ハントレスはザーズを簡単に倒します。
一方、シオニスが指揮する軍隊に囲まれたハーレイたちは、協力して生き残るために戦う決意をします。カサンドラを守りながら次々と敵を倒していくハーレイたち。最後の敵を倒し、安堵のひとときを迎えます。
遊園地を出たところでも敵が待ち構えており、カサンドラは捕まって車で連れ去られます。歌姫キャナリーは超音波で敵をひるませ、その隙にハーレイたちは脱出し、カサンドラを追いかけます。
ハーレイの攻撃に追い詰められたブラックマスクは、霧が立ち込めた桟橋に逃げ込みます。ハーレイは銃の最後の1発を放ちますが、狙いは外れてしまいます。ブラックマスクがカサンドラにナイフを突きつける危機に陥りますが、カサンドラが救いの手を差し伸べます。彼女は指にはめたリングが、実はハーレイに渡された手りゅう弾のピンであることを示します。
カサンドラはブラックマスクのジャケットに手りゅう弾を仕込んでおり、ハーレイがそれを合図にブラックマスクを川へ蹴落とします。爆発によって敵は一掃され、ハーレイたちは勝利を収めます。
翌日、勝利を祝う5人の女性はダイナーで乾杯しますが、カサンドラがトイレに駆け込み、ついにダイヤを排泄します。しかし、カサンドラとハーレイはそのまま裏口から逃げ出します。
ダイヤは売られ、資金はバーティネリー家に送られた後、ハントレス、キャナリー、そしてゴッサムシティ警察を辞めたモントーヤの3人が「バーズ・オフ・プレイ」としてゴッサムシティの悪と戦う自警団を結成します。一方、ハーレイとカサンドラは残りの資金でビジネスを立ち上げ、今日も派手にゴッサムシティを渡り歩きます。