『トランスポーター2』の要約：
フランク・マーティンは前作の出来事を経て運び屋を引退し、マイアミに移住していた。彼は連邦麻薬対策委員長ジェファーソン・ビリングスの息子ジャックの送迎を請け負い、ジャックに新たなルールを課していた。フランクは新しい愛車としてアウディA8に乗り換え、ジャックの学校帰りに彼を迎えに行く。途中で襲撃を受けるが、フランクは強盗たちと格闘し、ジャックを予定通りに送り届けることに成功する。
ビリングス家では、ジャックの両親であるジェファーソンとオードリーの間で口論が起きていた。フランクはジャックにその様子を見せないよう気を配りながら、彼を安全に送り届ける。しかし、家は国際的なテロリストのリーダー、ジャンニ・チェリーニのターゲットにされており、彼らを監視するチェリーニの手下たちが動き始める。
次の日、フランクはジャックを健康診断のため病院に連れて行くが、そこでジャンニの手先であるローラたちに襲われる。フランクは彼女たちが偽者であることを見抜き、ジャックを連れて病院から脱出する。タルコーニ警部にマイアミでの状況を報告し、ジャックをビリングス家に無事に送り届けるが、ジャンニからの脅迫により、フランクはローラに導かれ指定された場所に向かうしかなかった。
ジャンニはジャックを誘拐し、巨額の身代金を要求する。フランクはジャックの安全を確保するため、病院で爆弾が仕掛けられた車に立ち向かうが、フックで爆弾を取り除き難を逃れる。フランクはジェファーソンに連絡を試みるが、信じてもらえず、オードリーにジャックを守ることを約束する。
病院の監視カメラからディミトリの正体を突き止めたフランクは、タルコーニ警部に情報を提供する。ディミトリは元シベリアの生物兵器研究所のウィルス学者であることが判明する。
ジャックは身代金が入ったロールスロイスのトランクから解放されるが、そこには彼に打たれた注射が残されていた。フランクはディミトリの居場所を特定し、彼を追跡し捕らえる。
ディミトリに打たれる予定だった注射を自身に打ち込んだ後、フランクは彼が逃げ込んだ研究施設に向かう。そこでウィルスの真相を知り、解毒剤を手に入れるため奮闘するが、1本は割れてしまう。
ジャックに解毒剤を与え、彼の命を救ったフランクはジェファーソンがウィルスに感染していることをオードリーに伝えるが、ジェファーソンは既にサミットに出席してしまう。
ジェファーソンはサミットでウィルスに感染し、各国代表も次々と感染してしまう。フランクは解毒剤を手に入れるため、タルコーニ警部の協力を得てジャンニのアジトを探し出すが、ジャンニは自分自身に解毒剤を注入していた。
フランクはジャンニのアジトに侵入し、手下たちとの戦いの末、ジャンニと直面する。ジャンニの真の目的がコロンビアの麻薬カルテルからの依頼でサミットの各国代表を抹殺することであることを知り、フランクはジャンニの手下たちとの戦いでローラを倒す。
ジャンニはヘリコプターで逃亡するが、フランクはランボルギーニを駆使して彼を追跡し、ジャンニが乗ったプライベートジェットに乗り込む。機内での対決の末、銃の暴発でパイロットが死亡し、ジェット機は海に墜落する。
フランクはジャンニを制し、解毒剤を使用してジェファーソンと各国代表の命を救う。フランクは一家が幸せに過ごすのを見届けた後、静かにその場を去る。タルコーニ警部を空港に送り、再び運び屋としての仕事に戻ることを決意する。そして、新たな依頼の電話を受ける。