劇場版「 名探偵コナン 戦慄の楽譜」のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
米花市で発生した爆破事件の現場
ピアニストである堂本一輝が設立した堂本音楽アカデミーの爆発によって音楽家2名が死亡し、1名が重傷を負った。
その重傷者である川辺が出演予定だった堂本音楽ホールのこけら落としコンサートに、園子から招待されたコナンたち。
ホール内のリハーサルを特別に見学していると、ソプラノ歌手・秋庭怜子の元に事情聴取のため目暮警部たちが訪れる。
川辺が最後にメールを送った相手が怜子だったためだ。
帝丹小学校の卒業生
怜子が帝丹小学校の卒業生だと知ったコナンと少年探偵団は、彼女にクラスの合唱指導を依頼する。
しかし、怜子が学校に通うようになってから、飲み物への異物混入やトラック襲撃など不自然な事件が相次ぐ。
一方、堂本アカデミーに関連する音楽家2人が死亡し、その現場には爆破事件と同様にフルートの頭部官が残されていた。
森林浴に訪れた怜子とコナンはエアライフルで狙撃されるが、どうにか窮地を脱し難を逃れる。
しかし、致命傷を与えない行動にコナンは違和感を覚える。
コンサート当日
パイプオルガンの調律に異常を感じたコナンと怜子は堂本を探すが見当たらない。
ホールの外まで探しに行ったところ、何者かに麻酔を打たれ意識を失う。
目を覚ましたコナンと怜子は、ボートに乗せられ貯水池に運ばれていた。
コナンはサッカーボールを使って管理所の電話の受話器を外し、絶対音感を持つ怜子と協力してプッシュホン型の電話を使い110番通報を試みる。
その頃、コナンと怜子が不在のままコンサートが始まり、会場の外で次々と爆発が起こる。
公演中のホールは完全防音のため誰も気付かず、堂本音楽ホールは徐々に炎に包まれていく。
コナンは佐藤刑事と高木刑事に連絡を取り、ヘリで救出され音楽ホールへ急行する。
刑事たちが館内の爆弾を捜索する中、到着したコナンはホール館長である譜和匠と対峙する。
堂本専属のピアノ調律師
譜和は元堂本専属のピアノ調律師で、怜子の婚約者だったフルート奏者の息子・相馬光が亡くなった原因を作った人々への復讐と、生き甲斐だった調律師の仕事を奪われた恨みから今回の犯行に及んだのだ。
譜和は怜子の絶対音感を恐れ、爆弾を仕掛けたパイプオルガンの異常を知られることを避けるため彼女を襲った。
しかし、命を狙う行為をしなかったのは、彼女が息子の婚約者だったからだった。
譜和がリモコンで爆破を試みるが、怜子の「アメージング・グレイス」に気を取られたところを佐藤刑事が狙撃し阻止される。
事件解決後、相馬との思い出が残る河原で「アメージング・グレイス」を歌う怜子の姿があり、蘭は過去に新一と喧嘩した際に彼女の歌で仲直りしたことを思い出す。
コナンと蘭が並んでその歌を聞き続けるシーンで物語は幕を閉じる。