劇場版「名探偵コナン 迷宮の十字路」のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
連続殺人事件
東京、大阪、京都の三ヶ所で発生した連続殺人事件の被害者は、全員が古美術専門の窃盗団「源氏蛍」のメンバーでした。
現場からは義経記が紛失しており、警察は合同捜査本部を結成。
関西の高校生探偵、服部平次は事件に興味を持ち、自ら調査を始めるために京都を訪れます。
京都は、幼い頃に寺で見かけ、一目惚れした着物姿の少女がいる初恋の場所でもありました。
平次はその時に少女が落としたと思われる小さな水晶玉を今でも大切に持っています。
初恋相手を探す平次に、幼馴染の和葉は複雑な思いを抱いています。
8年前に盗まれた秘仏の謎
小五郎は山王寺の住職から、8年前に盗まれた秘仏の手がかりとなる謎を解いてほしいという依頼を受けます。
12年ごとに公開される秘仏の開帳日が間近に迫っており、コナン、蘭、園子と共に京都に向かいます。
コナンは秘仏を盗んだのが「源氏蛍」であることを突き止めます。
鞍馬山で
平次とコナンは偶然合流し、互いの事件を追う中で手掛かりを探すため鞍馬山を訪れます。
そこでライダースーツの男に矢を射られ平次が襲われますが、幸いにも怪我はありませんでした。
しかし、なぜ自分が狙われたのかは不明です。
その後、小五郎たちと共に訪れたお茶屋で殺人事件が発生。被害者はまたもや「源氏蛍」の一員であり、連続殺人事件の犯人が京都に現れたことを確信します。
平次が倒れる
和葉と共に大阪に帰ろうとする平次の前に翁の面を被った人物が現れます。
木刀を持ち勝負を挑む相手に対し平次は苦戦しますが、和葉に助けられ事なきを得ます。
平次は怪我を押してコナンと共に捜査を続けますが、犯人から和葉を誘拐したとの連絡が入り、鞍馬山に一人で来るよう要求されます。
しかし、怪我の悪化で平次は倒れてしまいます。
工藤新一になって
夜も更けた頃、鞍馬山に現れた平次は、翁の面の人物とその部下、人質の和葉と対面します。
平次は推理により、翁の面の人物が「源氏蛍」のNo.2である武蔵坊弁慶、すなわちお茶屋で知り合った西条大河であると突き止めます。
「源氏蛍」の首領「源義経」が死期を悟り、秘仏を先に見つけた者を次の義経にすると遺言を残したため、西条は宝を独り占めしようとして他のメンバーを殺害していたのです。
西条は平次が持っていた白毫（水晶）を狙い平次を襲っていました。
秘仏の隠し場所を聞いた西条は和葉と共に平次を斬り殺そうとしますが、その時現れたのは工藤新一の姿でした。
実はコナンは、灰原の助けを借りて一時的に新一に戻っていたのです。
しかし剣術が使えない新一はすぐに追い詰められます。
その時、平次が新一を助けに現れ、共に西条と対峙します。
新一はコナンに戻り、西条の部下を倒していく小五郎や蘭の協力もあり、西条は逮捕されます。
秘仏と白毫
事件解決後、コナンと平次は秘仏と白毫を山王寺に返します。
京都駅で和葉が口ずさんでいた手毬歌の一節が、平次の初恋相手の歌と同じであることが判明し、平次の初恋相手は和葉だったと明らかになります。
蘭は新一との再会が夢ではなかったことを確信し、また会える日を待ち続けるのでした。