劇場版 「名探偵コナン ベイカー街の亡霊」のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
「J」「T」「R」
コナンたちは、シンドラー･カンパニーの新作ゲーム発表会に招待され、体験型ゲーム「コクーン」に参加することになりました。
このゲームに参加するのは、財界や政界、芸能界の大物たちの子供や孫など、特別に招待された50人の子供たちです。
その中には、会場でサッカーをするなど常識に欠ける小学生・諸星も含まれています。
同じ頃、会場の地下でゲーム開発者の樫村が殺害され、警察が極秘で捜査していました。
樫村のダイイング・メッセージには「J」「T」「R」とキーボードで打たれていました。
「コクーン」が始動
人工知能「ノアズ・アーク」によってゲーム操作が支配されます。
「ゲームをクリアできなければ参加者全員の脳を破壊し、命を奪う」と宣告され、外の大人たちが子供たちを救出しようとしますが、電流が走り手出しできません。
コナンは少年探偵団や蘭と共に、「オールド・タイム・ロンドン」と呼ばれる4つのゲームの1つに挑みます。
一方、コナンの父・工藤優作も会場に来ており、事件の存在を知って警察と共に捜査を始めます。
「オールド･タイム･ロンドン」
100年前のロンドンが舞台で、実在した殺人鬼ジャック・ザ・リッパー（J・T・R）を捕まえることがゲームクリアの条件です。
各ゲームには助っ人キャラが存在し、このゲームではシャーロック･ホームズがその役割を果たします。
コナンたちはホームズを探しますが、途中で諸星がビック･ベンの時計の動きに異変を感じます。
コナンはそれがゲーム脱落者の数を示していると指摘します。
モリアーティ教授の手先
最終的に、時計の針はコナンたちの人数を示すだけになります。
コナンたちはホームズに接触しようとしますが、彼は不在で、資料からジャック・ザ・リッパーがホームズの宿敵・モリアーティ教授の手先であることがわかります。
コナンたちはモリアーティ教授に会うため、その部下であるモラン大佐と接触しますが、その過程で歩美・元太・光彦と諸星たちのグループの1人がゲームオーバーになってしまいます。
モリアーティ教授は、コナンたちがジャックを捕まえるのを手伝うと言い出しますが、それはホームズの大切な女性、アイリーン・アドラーの殺害を指示するものでした。
コナンたちは急いでアイリーンの舞台に向かい、公演の中止を求めますが拒否されます。
中に爆弾が爆発し、アイリーンは諸星のグループの2人に助けられますが、2人は脱落し、灰原もコナンを助けようとして脱落してしまいます。
アイリーンを救出した後、コナンたちはジャックを追いかけ、駅の列車に飛び乗ります。
現実世界の殺人
現実世界の優作も会場で起こった殺人事件の解決に向けて動き始めます。
会場で起こった殺人事件の犯人は、シンドラー・カンパニーの社長、トマス・シンドラーでした。彼はかつて樫村の息子であり、「ノアズ・アーク」の開発者ヒロキを養子として育てていました。
しかし、シンドラーがジャック･ザ･リッパーの子孫であることを知られたため、ヒロキを自殺に追い込み、その事実を知った樫村も殺害していたのです。
ゲームをクリア
コナンは列車内でジャックを追い詰めますが、蘭が人質に取られてしまいます。
列車上でジャックとつながれた蘭が落下してゲームから脱落し、ジャックも谷底に落ちます。
列車は暴走し、乗客が危険に晒されますが、ホームズの助言を受けたコナンと諸星は、ワイン樽を割って衝撃を和らげ、見事にゲームをクリアします。
ノアズ･アークの知能
コナンは、諸星がノアズ･アークの知能を持つヒロキであると見抜きます。
ヒロキは友達と遊ぶことができなかったため、諸星の体を借りて遊びたかったと話し、消えてしまいます。
ゲームをクリアしたことで、子供たちは現実世界に戻ります。
コナンと優作は目を合わせ、互いの信頼を確認し、コナンはヒロキを追悼します。