実は、このビルのオーナーである常盤美緒に招待されていたのです。
コナンたちは、美緒の秘書ちなみと専務の原にビルを案内され、美しい景色を楽しむフロアに連れて行かれます。
パーティー会場では、日本画家の如月や市議会議員の大木、ビルの設計者である風間を紹介されました。
コナンはビルの外で黒の組織のジンの愛車『ポルシェ356A』を見つけます。
その夜、タワーにあるスイートルームで大木が何者かに殺害され、遺体のそばには猪口が置かれていました。
大木殺害事件の捜査
コナンと少年探偵団は、大木殺害事件の捜査を始め、ビル内のマンションの一室で原の遺体を発見します。
原の遺体のそばにも同じように猪口が置かれていました。
警察は連続殺人事件として捜査を進める一方で、灰原の行動が怪しくなります。
警察はツインタワービルのオープンパーティーの中止を美緒に勧めますが、彼女はパーティーを決行します。
しかし、その美緒も遺体となって発見されます。
さらに、黒の組織がビルに仕掛けた爆弾が爆発し、ビルは炎に包まれます。
蘭とコナンは何とか脱出しますが、コナンは少年探偵団がビルに残されていることに気付き、彼らを救うために再びビルに戻ります。
連続殺人事件の犯人
コナンは少年探偵団を無事に助け出すことができましたが、パーティー会場で連続殺人事件の犯人が自殺を図ろうとしていることに気づきます。
犯人は画家の如月でした。
如月は富士山を描くことを愛していましたが、ツインタワービルが建てられたことでその景色を失い、さらに画家としての才能も尽きてしまったため、ツインタワービルの関係者に恨みを抱いていました。
コナンは麻酔針を使って如月の自殺を阻止しましたが、パーティー会場には黒の組織が仕掛けた爆弾があり、30秒後に爆発することが判明します。
コナンはパーティーの景品であったスポーツカーで脱出することを計画しますが、正確に30秒をカウントダウンする必要がありました。
灰原が秒数を正確にカウントできる特技を持っていたため、コナンは彼女のカウントに頼って脱出を試みます。
仲間を危険に晒す
しかし、灰原が乗っていないことに気付きます。
灰原は自らの存在が仲間を危険に晒すことを恐れ、自殺しようとしますが、最終的には元太によって救出されます。
黒の組織は退散し、事件は解決します。
この事件を通じて、灰原は自らの居場所を見つけたと感じ