映画「碁盤斬り」のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
柳田格之進
江戸の貧しい長屋で娘のお絹（清野菜名）と暮らす柳田格之進（草彅剛）は、真面目で誠実な人物です。
その性格は彼の趣味である囲碁にも表れ、近所の碁会でも尊敬されています。
ある日、格之進は強欲な商家の主人、萬屋源兵衛（國村隼）から賭けを持ちかけられます。
まだ勝負の余地があるにもかかわらず、途中で勝負をやめて帰った格之進の高潔さに感銘を受けた源兵衛は、彼と親しくなりました。
その後、源兵衛は自身の持つ素晴らしい碁盤で碁を打とうと格之進を誘います。
しかしある夜、源兵衛の店で碁会が行われた際に金が盗まれ、番頭の徳次郎（音尾琢真）は格之進を疑います。
その話を聞いたお絹は、自分が遊郭に身売りして金を工面すると言い出します。
そして、格之進が本当に盗んでいないなら、いずれ金は見つかるはずだから、その金で自分を身請けしてほしいと言いました。
濡れ衣を着せられ、娘まで遊郭に身を落とした格之進は怒りを覚え、もし金が見つかったら、源兵衛と手代の弥吉（中川大志）の首を取ると言います。
事情を知った遊郭の女将、お庚（小泉今日子）はお絹を預かることにし、新年までは客を取らせないと猶予を与えます。
梶木左門
そんな中、彦根藩士の梶木左門（奥野瑛太）が格之進を訪ねてきます。
格之進はかつて藩主の掛け軸を盗んだという濡れ衣を着せられ、そのために妻は自ら命を絶ち、藩を追放されたのでした。
しかし、左門は真犯人が同じ藩士の柴田兵庫（斎藤工）であり、格之進の妻は兵庫に脅されて彼に身を任せた後、その苦しみから自死したと告げます。
復讐を決意した格之進は、左門とともに兵庫の行方を追い、旅立ちます。
左門とともに兵庫を追う格之進は、兵庫がある町にいることを突き止めます。
町に着いた二人は、その町を仕切る長兵衛（市村正親）に出会い、兵庫が大金を賭ける秘密の碁会に参加していることを知ります。
事情を話すと、長兵衛は彼らが碁会に参加することを許可してくれました。
大晦日
こうして碁会に潜入した格之進は、ついに兵庫と再会します。
兵庫は以前から格之進の高潔な性格を偽善的だと嫌っており、彼に濡れ衣を着せたことや妻を脅したことを認めます。
さらに、盗んだ掛け軸はすでに売り払い、その金を貧しい者たちに分け与えたと言います。
そこで格之進と兵庫は、囲碁で決着をつけることにします。
格之進と兵庫は碁盤を挟んで向き合います。
互角の戦いの中で、ついに兵庫が格之進を追い詰めます。
絶体絶命かと思われたとき、格之進は「石の下」と言われる手を打ちます。これに周囲はどよめき、兵庫は考え込みます。
しばらくして兵庫は水を飲むフリをして湯呑みを投げ、突然格之進に斬りかかりました。
そして二人の勝負は剣での戦いに発展します。
激しい攻防の末、格之進は兵庫の腕を切り落とし、胸を刺して決着をつけました。
碁盤切り
兵庫が売り払ったと言っていた掛け軸は実際にはまだ彼の家にあり、左門はそれを藩主のもとに持ち帰ることにします。
しかし新年まで時間がありません。
格之進たちは急いで帰路につきますが、彼らの目の前で大門は閉まってしまいました。
朝になり、急いで江戸に戻った格之進は、お庚がまだお絹に客を取らせず待たせていたことを知ります。