maqのdemoをやってみる

maqのdemoをやってみる

サーバにアクセスしてやってみよう。

minako@hoge:~/maq > maq.pl demo fm200053.fasta calib-36.dat
-- CMD: mkdir -p maqdemo
。。。。。。。いろいろ。。。
。。。。。

うまくいってそう。。。
minako@hoge:~/maq/maqdemo/easyrun > ls
all.map cns.filter.snp cns.indelpe cns.win read1@1.bfq
aln@1.map.log cns.final.snp cns.indelse consensus.cns read2@1.bfq
assemble.log cns.fq cns.snp mapcheck.txt ref.bfa

うまくいってそうだ。。。

出来てはいるのにmaqviewとかmaqindexができない。

maqview内のREADMEを読んでみて追加。
minako@hoge:~/maq/maqview > ./autogen.sh
minako@hoge:~/maq/maqview > ./configure
minako@hoge:~/maq/maqview > make
なんかmakeはエラーしてそうだ。。。

これもmake installするのだろう？？？か？？
root権限ないし。。。

出来てはいるのにmaqviewとかmaqindexができない。。