4疾病5事業ごとの医療体制構築の考え方も提示。例えば急性心筋梗塞では、▽予防 ▽発症直後の救護・搬送 ▽診断 ▽急性期段階の治療 ▽心臓リハビリテーション ▽急性期以後の医療・在宅療養―のステージごとに、医療機関に求められる役割などを示した。

このうち急性期を担う医療機関の役割としては、▽患者の来院後30分以内に専門的な治療を開始する ▽合併症や再発の予防、在宅復帰のための心臓リハビリテーションを実施する ▽再発予防の定期的専門的検査を実施する―の3点を挙げた。これらの役割を担うため、心電図検査や血液性化学検査、心臓超音波検査などに24時間対応できる体制の確保を求めている。

疾病・事業ごとの連携構築は地域ごとに優先順位をつけて推進する。ただ指針では、脳卒中について「医療と介護・福祉の緊密な連携が求められる典型的な疾病」と指摘し、連携構築のための具体的な方策を年度内にとるよう求めた。