在法‧帝爾世界，有一棵支撐著世界的大樹，其名為瑪那之樹。
這棵碩大無比、高聳入天的樹，生長於一個外人無從進入、被稱為「瑪那聖域」的地方。如同植物以光合作用維生一般，它吸收世上的負面能量、將其轉化為黑暗的木靈，囤積於己身之中，再慢慢將其轉化為純粹的瑪那能量，以此支撐著世界。
在聖域中，除了大樹，還有一個小小的部落生息於其下，這個部落，叫做瑪那一族。世代與瑪那之樹為伴的瑪那一族，如同瑪那之樹的管理人，他們能運用部分的瑪那能量，過著崇敬著大樹、與世無爭的生活。
這都是很久以前的事情了。
一切都肇因於戰爭。不論是六色月神們的神獸鬥爭、抑或是聖獸芙拉米落於異界的暗影淪為魔導士的戰爭工具、更遑論是妖精與人類的千年之戰，它們都大大地改變了法‧帝爾大地。
而最早是從什麼時候開始的？
植物是貫穿人間界和妖精界兩個次元的存在，植物汲取了法‧帝爾大地所持有的瑪那之力，創造出大氣。人類以樹木作為燃料和道具，構築出豐富的文明，自在地操縱著被注入力量的東西。而妖精們利用植物所釋放的瑪那之力，將法‧帝爾大地導向成為更豐富的世界。
除了妖精，人類即使無法像妖精那般自由地使用瑪那之力，但他們仍能取用那股力量。只是，因為生活在有許多裝置可以代勞的環境之中，許多人就失去了這種力量，在之後的時代，能取用瑪那之力的人們，就被稱作魔法師，也就是後世所稱的魔導士。
第一個在留名於歷史之中的，是大魔女雅妮絲。她在瑪那之樹中鑿闢出了自己的工房，企圖恣意地去使用那股強大的力量。流動於世界之中的瑪那之力因此被改變，進而影響到妖精界和精靈界；但雅妮絲的傲慢讓她對此視而不見，只顧著持續著自己的研究。她參照了六色月神之石的傳說，創造出擁有巨大力量，被稱為「火石」的寶石。
雅妮絲的火石是魔導士們覬覦的寶物，它喚起了想要得到它的人的邪惡之心，也成為魔導士們競相仿造的能源產品。很快地，火石在各種工房中被製作出來。星球的波動因而變得混亂，人心也蒙上了陰影。因混亂的波動而產生的次元的斷層，喚醒了人們心中的邪惡的波動。那是世界給予原本的星球的身姿，有著高貴靈魂性格的星球的生命，在這時代結束了。
統治那時代之後的，是被邪惡的波動操縱了的人們。魔導士們因為握有力量而喜悅，這正是他們理想中的世界；相較於恣意妄為的魔導士，其餘的人們只能哀嘆悲傷，眼睜睜地看著魔導士們為這個被後人稱作「尤拉烏克斯千年期」的漫長時代揭開序幕。
恣意使用力量的魔導士被妖精視為敵人，彼此之間就那樣勢不兩立地對立著；然而，妖精漸漸發現，人類之中也有贊同自己一方的思想的人類存在，多為自古就與瑪那之樹生息的瑪那一族的人們。妖精得到這些人的合作，和魔導士們進行了數十年的追戰，最後終於成功打敗以雅妮絲為首的魔導士軍團。
之後，瑪那之樹消失在這連年的戰火中。聖域從此不再是確切存在的地點，除了依靠存有強烈思念的工藝品，沒有其他能開啟聖域的方法。
同時，由於外部的世界陷入了戰亂，負面能量因此大增，超過了瑪那之樹所能負荷的限度。無法被淨化的負面能量以邪精靈塔納托斯的形態流竄於世，讓紛爭越演越烈，也逐漸和大樹內部的黑暗木靈相互呼應，慢慢地侵蝕著瑪那之樹。能夠感應到大樹力量的大樹巫女首當其衝地受到影響，當代的大樹巫女──克洛蒂雅──及樹之精靈──鈴──變得異常衰弱，讓負責守護這位巫女的瑪那騎士、同時也是她的未婚夫的卡爾瑪憂心忡忡，卻又一籌莫展。
當一位名為雅妮絲的魔導士率領軍隊入侵聖域、毀滅瑪那一族的村落、並侵占瑪那之樹作為她的工房之後，情況急轉直下。雅妮絲擅自取用大樹的瑪那之力，製造了威力強大的火石。卡爾瑪奮不顧身地豁出力量消滅掉火石，戰事卻未因此止息。更多沉溺於追求力量的魔導士競相製作出火石，威力雖不及雅妮絲的強大，卻也是危險的存在。卡爾瑪別無他法，只能拜託自己的孿生姊姊接下騎士之責，自己則流落在外，以第七之月的名號流轉於各個戰場之中，企圖平息似乎沒有止境的戰爭，直到大樹所在的聖域消失於戰火之中，無處可歸的卡爾瑪力量耗盡，消散於世為止……
「結果……我還是沒能……保護我重要的人嗎？」
在卡爾瑪臨終之前，他最後的念頭，隨著自體內飛散的光點一起消失──
「如果……世上能多有一些愛……」
在瑪那一族一族中，流傳著一個僅巫女與其騎士才能繼承的秘密。表面上，大樹巫女是感應樹的力量、傾聽自然之聲、主持各項祭祀的人，但是，她們其實也是活化大樹不可或缺的存在。久遠以前就曾有過許多實證，巫女與樹的結合可以讓大樹復甦，以眼下的情況看來，這似乎是無可避免的手段。
繼任騎士之職的女性──卡爾瑪的姊姊──依照克洛蒂雅的要求，用原本寄生於卡爾瑪手中的大樹種子所衍生而出的瑪那之劍，刺穿了克洛蒂雅，藉由鈴的引導，讓她的靈魂得以和大樹結合，企圖一口氣淨化所有黑暗的木靈。事與願違，在瑪那之劍穿透那為巫女的同時，不知是她對卡爾瑪的思念太甚、又抑或只是單純地力量不足、更可能是因為卡爾瑪誓言保護克洛蒂亞的劍無法殺死她，瑪那之劍並沒有完全消滅掉克洛蒂雅這個人的存在，而是讓她硬生生地被分成了兩個部分。
巫女體內屬於正面的能量進入了大樹，瑪那女神的形態顯現於世，大部分的邪精靈被淨化，她卻已經沒有餘力復甦世界，甚至連重振流離失散的瑪那一族，都心有餘而力不足。
而在釋出力量、淨化邪精靈後，女神的形態逐漸改變，照理來說，不該存在的負面情感卻留在克洛蒂雅體內消散不去。讓成為女神的部分無法獲得足夠的力量，也讓無法承受聖域內正面能量的克洛蒂雅，握著刺穿自己胸口的劍，就此墮落到魔界。
帶著瑪那一族殘存於戰爭廢墟中的、最後的兩個孩子，女神關閉了聖域，將其流放到久遠之後、不受戰爭摧殘的時空去，就此陷入了沉眠。在自久遠的沉眠中醒來後，世界──甚至連聖域或魔界，都已經不是千年前的模樣。
居留於聖域之中，年約十二歲的姿態，擁有正面能量、帶著大樹精靈的女神縮影，是名為瑪那的女孩。
逃竄到魔界之底，年約二十歲的姿態，滿載負面情感、帶著墮落聖劍的大樹巫女，是名為克洛蒂雅的女性。
「我是什麼？我只是純粹的、被捨棄的負面情感，是要復甦大樹、成為女神的克洛蒂雅不需要的部份。我只想要破壞，我只會憎恨，我希望這世上的一切全都灰飛煙滅！」
「然而……妳也是對卡爾瑪留有眷戀的克洛蒂雅，不是嗎？」
「我一直……在尋找我曾經立誓要守護的……人、或是物，我不知道那是什麼。」從遙的口中，流洩出不屬於他的低沉嗓音：「但是我終於知道了……我一直在找的……是妳啊！」