※判示事項が複数のため，うまいタイトルがつけられませんでした。
新会社法の下でも，新株発行の無効原因は解釈に委ねられていますが，それに１つ付け加わった形です。
最判平成２４年４月２４日
裁判要旨
１ 旧商法の規定に基づく株主総会決議の委任を受けて取締役会が新株予約権の行使条件を定めた場合に，当該新株予約権の発行後に上記行使条件を変更する取締役会決議は，明示の委任がない限り，細目的な変更をするときを除き，無効である
２ 非公開会社において株主総会の特別決議を経ないまま株主割当て以外の方法による募集株式の発行がされた場合，当該特別決議を欠く瑕疵は上記株式発行の無効原因になる
３ 非公開会社が株主割当て以外の方法により発行した新株予約権に株主総会によって付された行使条件が当該新株予約権の重要な内容を構成しているときは，この行使条件に反した新株予約権の行使による株式の発行には無効原因がある
http://www.courts.go.jp/search/jhsp0030?hanreiid=82215&hanreiKbn=02
判決文
http://www.courts.go.jp/hanrei/pdf/20120424143721.pdf
事案を見る限りでは，会社法判例百選や商法判例集にも掲載されている東京地判平成２１年３月１９日の上告審だと思います。