奴良リクオは一見はごく普通の中学生だが、実は彼は妖怪「ぬらりひょん」の孫で、4分の1妖怪の血を継いでいる。
祖父の組「奴良組」の妖怪達と毎日どたばたと付き合いながら、何とか普通の生活を送っている。
リクオは幼い頃、祖父から色々と武勇伝を聞かされ、妖怪とはかっこいいものであると思っていた。
しかし、ある日友人との会話から、妖怪が人間から馬鹿にされる悪い存在であることを知ってしまう。
そんな中、妖怪に襲われた友人達を守るために自身の妖怪の血を覚醒させ、友人達を救い出す。
だが、4分の1しか妖怪の血を継いでいないリクオは1日の4分の1の時間しか妖怪の姿になれなかった。
そして4年後、中学生になったリクオは人間としての生活を望んでいたものの、組を統率するために妖怪の世界と向き合っていくことになる。
牛鬼の謀反（第2巻 - 第3巻）
リクオと同級生らが所属する「清十字怪奇探偵団」は、妖怪合宿と称して捩眼山を訪れる。
そこは奴良組系・牛鬼組の縄張りであったが、リクオたちは牛鬼組からの襲撃を受ける。
対四国八十八鬼夜行（第3巻 - 第6巻）
四国の妖怪組織・四国八十八鬼夜行が、奴良組のシマへの進撃を開始する。
百鬼夜行を率いるリクオと、四国妖怪を束ねる玉章の全面抗争が始まる。
ぬらりひょんの過去（第7巻 - 第8巻）
奴良組の初代総大将・ぬらりひょんの過去が明らかになる。リクオの祖母・珱姫とぬらりひょんの出会い、妖刀・祢々切丸、羽衣狐率いる京妖怪との激突など、400年前の物語が描かれる。
遠野編（第8巻 - 第9巻）
京都では、羽衣狐が再び動き出し始めた。
リクオは、花開院家に戻ったゆらを助けると同時に、父の命を奪った羽衣狐と決着をつけるため、京都へ向かうことを決意する。
しかし、リクオの未熟さを指摘したぬらりひょんは、リクオを遠野の里に送り込む。
遠野での修行を経て、リクオは妖怪・ぬらりひょんの持つ真の力を理解する。
京都編（第10巻 - 第16巻）
遠野妖怪を味方につけ帰還したリクオは、奴良組の面々と共に京都へ進撃する。
京妖怪の侵攻に対し、花開院家の陰陽師たちは守勢に回っていた。
リクオたちは花開院家と共同戦線を張り、「鵺」を産み出そうとする羽衣狐と対決する。
対百物語組（第16巻 - 第21巻）
京都での戦いを終え、リクオは奴良組三代目総大将を襲名。
来たるべき鵺との戦いに備え、奴良組は力を蓄えていた。
そんな中、百物語組が姿を表し、二代目・鯉伴との因縁が明らかになっていく。
対御門院家（第22巻 - 第25巻）
百物語組との抗争を経て、安倍晴明の子孫である陰陽師の一族・御門院家の存在が明らかになる。
彼らは、晴明の生み出した術により不老の体を手に入れていた。
晴明の復活を前に、妖怪を粛清する「清浄」を行おうとする御門院家に対し、リクオは日本中の妖怪たちと同盟を組み立ち向かおうとする。
