梅雨も明けようという夏のある日、関口巽は、古くからの友人である中禅寺秋彦の家を訪ねるべく眩暈坂を登っていた。
関口は最近耳にした久遠寺家にまつわる奇怪な噂について、京極堂ならば或いは真相を解き明かすことができるのではないかと考えていた。
関口は「二十箇月もの間子供を身籠っていることができると思うか」と切り出す。
京極堂は驚く様子もなく、「この世には不思議なことなど何もないのだよ」と返す。
久遠寺梗子の夫で、関口らの知り合いである牧朗の失踪、連続して発生した嬰児死亡、代々伝わる「憑物筋の呪い」など、久遠寺家にまつわる数々の事件について、人の記憶を視ることができる超能力探偵・榎木津礼二郎や京極堂の妹である編集記者・中禅寺敦子、東京警視庁の刑事・木場修太郎らを巻き込みながら、事態は展開していく。
さらにこの事件は、関口自身の過去とも深く関係していた。
牧朗の行方、妊婦の謎、久遠寺家の闇……全ての「憑き物」を落とすため、「拝み屋」京極堂が発つ。
舞台は西暦2060年の日本、「科学警察研究所 法医第九研究室」、通称「第九」。
そこで行われる「MRI捜査」では、死者の脳から記憶を映像として再現する事が出来るが、解明不能な事件の真相にさえ繋がる有効な捜査手段でありながら、世間から強い偏見と反発に晒されていた。
捜査を担当する職員たちも、凶悪犯罪に関わる凄惨な映像と日々向き合うことで苦悩し、心を病む者も多い。
新人の 青木 一行 は最先端捜査を担う「第九」に強い憧れを持って配属される。
だが、死者の脳から記憶を辿り、被害者と加害者の「秘密」を暴きだすその仕事は、想像を絶する凄惨なものだった。
事件の捜査を通じ、青木は尊敬する第九室長 薪 剛 が抱え持つ「秘密」とも向き合うことになる。
season0(第2巻以降)
解体拡張された元第9メンバーは全国に散った。
科捜研所長に昇進した薪と薪の後任室長として警視庁管内に残った岡部を除き、青木もまた郷里の九州に転勤となり室長に昇進した。
引き続きMRI捜査を担う彼らは様々な『秘密』と対峙していく。
西暦1600年、関ヶ原の戦いの最中、謎の存在「紫」の手により島津の退き口から、エルフやオークのいる異世界に召喚された島津豊久は、同様に流れ付いた織田信長や那須与一と出会う。
その地で「漂流者（ドリフターズ）」と呼ばれる豊久らは、成り行きと武士としての本能から、人間が支配するオルテ帝国に虐げられるエルフの村を解放し味方に付けると、その勢いのまま「国奪り」を開始する。
一方、北方の地では「EASY」の送り込む召喚者達「廃棄物（エンズ）」が黒王を頂点とし、「人ならざる者」の軍勢をもって人類を絶滅させるべく進軍を開始していた。
安倍晴明率いる、魔導結社「十月機関（オクト）」は漂流者を集め黒王軍に対抗すべく、豊久達にも協力を要請するが、信長は「漂流者による国奪り」こそが唯一の方法であると説き、兵権の掌握と自軍の設立に向け動き出す。
黒王の命を受けた廃棄物ジャンヌとジルドレの襲撃を退けた豊久達は、休む間もなくドワーフ族を解放し、自軍に組み入れる。
オルテの大貴族にして、漂流者であったサンジェルミ伯は、自らが創り上げた帝国の先行きを見限り、国を豊久達に明け渡すことを決意する。
当初は無血クーデターを目論んでいたサンジェルミ達だったが、同じく帝国の乗っ奪りを企てていた廃棄物ラスプーチンと土方歳三を相手に、激しい市街戦となってしまう。
結果として首都陥落・帝国指導部の解体という当初の目的は達したものの、大きな傷跡も残されてしまった。
グ＝ビンネン通商ギルド連合に身を寄せ、重用されながらも微妙な立場にある山口多聞や、亜人を率いて帝国方面軍に抵抗する、菅野直とスキピオ、十月機関と行動しているワイルドバンチ強盗団ら各地に散る漂流者の動静も絡みあい、世界の命運は混乱の一途を辿る中、黒王率いる人類廃滅の軍団が南征を開始する。
漂流者達がオルテの政権を奪取したことで、オルテが黒王軍の矢面に立つことになり、信長とサンジェルミは官僚から没収した財産を元に内憂外患の処理に奔走する。
軍閥化した西方の第三軍・第四軍を相討ちに持ち込み、混乱を西方諸族にリークし、両軍を壊滅させて敗残兵の吸収と、西方占領地の返還と戦果を与えて西方との講和を目論む。
続いて信長とサンジェルミは東方のグ＝ビンネン筆頭のシャイロック8世とサン・ジェルミ伯が交渉し、利害の一致から講和が成立。
世界の危機と鉄砲・火薬を質に入れ、先行投資として食糧物資・資金を借り受ける盟約を結ぶ。
黒王軍の南伐が開始されると難民による混乱を企図した黒王軍の思惑と漂流者を求める民衆によって民族移動に近しい難民が発生し、一時は暴動発生とも思われたが豊久の演説によって彼らを黒王に立ち向かわせることに成功。
ヴェルリナが籠城戦に不向きな地形なため、難民を兵士として統制し、決戦場と目される地、「関ヶ原」に地形が酷似しているマモン間原サルサデカダンにて待ち構えることになる。
サルサデカダンでの合戦は漂流者と廃棄物、人間と怪物の軍勢がぶつかりあう激戦となる。
しかし信長の戦略を読みぬいた明智光秀の策略により、ラスプーチンに唆された公子らカルナデス部隊が造反。
敗色濃厚となったことを悟った豊久は、戦力の大部分を保持したままの撤退を決断する。
豊久は反対する信長を殴り倒して与一に託すと、彼らを逃がすためドワーフたちを引き連れ敵陣へ向けて突撃、再びの「捨てがまり」を行う。
敵陣奥まで切り込んだところで疲労困憊して倒れた豊久は、そこで彼との再戦を望んで現れた土方歳三と対峙する。
もはや立ち上がる力もない豊久に激高する土方だが、そこに新二航戦301飛行隊「新選組」を名乗る菅野直が駆けつける。
一方、脱出に成功した信長たちは、再度の決戦を行うべく廃城を目指す。
廃城ではミルズらによって着々と籠城の準備が整えられていた。
