遥かな未来、銀河に進出した人類は、二大陣営に分かれて戦っていた。
皇帝と貴族が支配する銀河帝国（帝国）と、帝国から脱出した共和主義の人々が建国した自由惑星同盟（同盟）である。
戦争は150年間膠着していたが、ラインハルト・フォン・ローエングラムとヤン・ウェンリーという若き英雄が相次いで両陣営に登場することで、歴史は大きく動き始める。
ラインハルトとヤンの台頭（原作1～5巻ごろまで）
帝国の貧しい貴族に生まれたラインハルトには母代りの敬愛する姉と、無二の親友キルヒアイスがいた。
しかし、彼が10歳の時に、姉が皇帝の後宮に収められたことを契機として、ラインハルトは軍人の道を歩み始める。
それは、いつか皇帝から姉を取り戻す力を得るためだった。
彼はキルヒアイスと共に戦場で武勲を重ね、後に"常勝の天才"と呼ばれることになる軍事的才能と、皇帝の寵姫となった姉の後ろ盾により、20歳の若さにして帝国元帥の地位を手に入れる。
皇帝はラインハルトが倒す前に病死するが、その後に起きた帝位継承権争いの内戦にもラインハルトは勝利する。
憎んできた大貴族達を滅ぼし、新皇帝を傀儡として、ついに彼は帝国の最高権力者にまで登りつめる。
しかし、その内戦でラインハルトはキルヒアイスを失い、それにより姉も彼と距離を置くようになる。
ラインハルトは心の渇きを感じるようになり、まるでそれを満たそうとするかのように、亡き親友と約束した宇宙の統一へと邁進して行く。
一方、同盟に生まれたヤンは、歴史家を志す青年だったが、経済的事情により学費が無料の士官学校に入学する。
軍で思わぬ功績を立てたヤンは宇宙艦隊の幕僚となり、ラインハルトが指揮する帝国軍との戦いで、劣勢な味方の全面的な崩壊を防いだことにより、若くして艦隊司令官に抜擢される。
ヤンは、帝国軍の前線基地で同盟軍が幾度も攻略を試みながらその都度多大な犠牲を出して失敗したイゼルローン要塞を無血占領し、それに続く戦いで、またもやラインハルトの完全勝利を阻止したことで、"不敗の魔術師"と呼ばれるようになる。
戦争を嫌い、安全な場所にいる主戦論者が戦争を煽り立てる現在の政情を憂うヤンであったが、民主主義を信奉する彼は一軍人としての職務を全うしようとする。
その一方で、独裁者のラインハルトが清廉な政治を行い、戦場では常に陣頭に立つことを高く評価して、その矛盾に悩むのだった。
元戦災孤児であり、今はヤンの養子として学ぶユリアン・ミンツ少年は、そんなヤンの姿を見て少しずつ成長していく。
ラインハルト即位からヤンの暗殺まで（原作6～8巻ごろまで）
同盟軍の戦力はラインハルトとの戦いで著しく損耗し、国防はイゼルローン要塞とそこに駐留するヤン艦隊に託されるようになる。
しかし、宇宙統一を目指すラインハルトは、要塞とは別方面から、圧倒的戦力で同盟領に侵攻する。
ヤンは劣勢を覆すためにラインハルトとの直接対決を望み、彼を戦場に引きずり出すために、帝国軍の艦隊を各個撃破していく。
ラインハルトはヤンの意図を見抜いたが、ヤンへの勝利に拘ってヤンと直接対決し、敗北寸前にまで追い込まれる。
ところが、帝国軍の別働隊が同盟の首都を包囲したことにより同盟政府は停戦命令を出し、宇宙はラインハルトによって統一されることになる。
ヤンは後日の帝国への抵抗活動の核とすべく、一部の部下に僅かばかりの艦艇を託して逃亡させる。
また、ラインハルトはこの同盟領侵攻中より、不意の発熱を繰り返すようになっていく。
ラインハルトは傀儡としていた幼帝を廃して自ら皇帝に即位し、ヤンも軍を退役する。しかし、同盟領に進駐した帝国軍の司令官は潜在的な脅威としてヤンを排除しようとし、その意を汲んだ同盟政府までもがヤンの殺害を謀ったので、ヤンは同盟首都からの脱出を余儀なくされる。
ヤンと彼の部下たちは帝国から分離独立を表明した地方政府に身を寄せ、イゼルローン要塞を再奪取し、宇宙に民主共和制の種を残そうとする。
ラインハルトはこのことを口実に、同盟を完全に廃し、ヤン一派を討伐するために出兵するが、ヤンは圧倒的な大艦隊を相手に善戦を続ける。
やがて交戦中にラインハルトは発熱して倒れ、その最中に亡きキルヒアイスの優しい姿を思い出したことで、ヤンとの会見を望むようになる。
だが、ヤンは会見に向かう途中でテロリストに暗殺されてしまい、ラインハルトは好敵手の死に失望して、そのまま軍を引き上げる。
ヤンの死からラインハルトの死まで（原作8～10巻）
ヤンの死後、その薫陶を受けたユリアンが若くしてその後継者に選ばれ、イゼルローン軍の軍事指導者に就任する。
ユリアンは、ラインハルトの本性が"戦士"であり、戦うことによって相手の意志の重さを測る人物であることを見抜き、帝国と対等に交渉するには何らかの軍事的成果が必要であるとの結論を導きだす。
イゼルローン軍はラインハルトに最後の決戦を挑み、艦隊戦の最中、ユリアンはラインハルトの旗艦に乱入する。
多くの味方の死と引き換えにラインハルトの前にたどり着き、最後には力尽きて気を失ったものの、その姿に心を動かされたラインハルトは全軍に停戦を命令し、戦いは終結する。
しかし、不治の病による発熱に苦しむラインハルトの肉体は、もはや死を避けられないまでに衰えていた。
ユリアンと数回の会談を重ねたラインハルトは、イゼルローン要塞の返還と引き換えに、旧同盟首都星系での共和主義者の自治を認めた後、崩御する。
その時、ラインハルトは25歳。皇帝に即位して、わずか2年余りのことだった。