ですから、He almost ate a poisonous mushroom. というのは、「彼は毒キノコを食べる寸前までいったけれど、実際には食べずに終わった」ということを表しているのです。「ほとんど食べた」のではなく、「食べそうだったけれど食べなかった」ということを意味します。
ですから、「この橋はほとんどが石でできている」という場合に、This bridge is almost made of stone. というのは間違いだということになります。この英文を無理に解釈すれば、「見かけでは間違いないくらいに石のように見えるけれど、実は石ではない素材でできている」というような感じになります。
「この橋はほとんどが石でできている」という場合の「ほとんど」というのは「大部分は」ということですね。この場合には mostly という単語を使うのが適切です。This bridge is mostly made of stone. としてください。
同様に、「ほとんどの生徒」を almost students というのもまずいです。「ほとんど生徒のように見えるけれども生徒ではない人たち」のように考えないと、つじつまが合いません。
このような場合には、almost all of the students のような言い方が適切だということになります。