先日
自分の全ゲノムを口腔内をスワブ採取で取得する実証実験を行いました。
結論から言うと、失敗に終わりました。
口腔内からでは約12億7000万ゲノムは取得できましたが、全ゲノム30億は取得できませんでした。
現在まで、皮膚、血液、口腔内のスワブで全ゲノムの取得を行った理由は
皮膚切除 → 医師が必要
血液採取 → 看護師が必要
口腔内のスワブ採取 → 誰でもできる
からです。
単にスワブで口腔粘膜をこすって取る細胞量では、少なすぎるのか
今後、検証が必要ですが、この失敗も貴重な情報です。
下記に、ぼくの一部のゲノムを掲載します。
fastqファイルの中身です。
データはヘーダ―と塩基配列とクオリティスコアが含まれています。
このデータをpythonなどを使って、分析するわけです。
一般的にバイオインフォマティクスと言われています。
幸いプログラム言語のlinux、ubuntu、python等は、この実験の日のために、ほぼすべて習得しているので
サーバー構築もゼロから自分で開発できます（実はクリニックのサイトは自分でプログラムしてます）。
今は、jupyter labで、Rなど使って表現してます。
ゲノム編集には、さらなる設備投資が必要なため、いま最新機器を購入中です。
目玉なのが、100万Gかけられる超遠心分離機です。
これ1台だけで、1000万円以上します。
でも、これがないと前には進めませんので年内に購入です。
今回は購入しませんが、クライオ電子顕微鏡は5億円します。
今後の課題ですね。
粛々と確実に実証実験を重ねたいと思います。
次回は、自分のミトコンドリアだけの全ゲノムを読み取ります。
ミトコンドリアの全ゲノムは約1万7000ゲノムです。
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