差分トポなど①準備編の続きです．
改造編と称していますが，
これはEEGLAB既存のmファイルを書き換えるからです．
基本的に悪さをしない書き換えをしていますが，
嫌な人はSTUDYファイルを作る際に，
差分したデータセットを用意して，
それをつかって①をやる，という感じにすればよいと思います．
では本題．
「①準備編」で紹介したことができている前提です．
先ほどのParam設定の中に
[Plot scalp map at latency [ms]]
という設定がありました．
さきほどはスルーしていましたが，
ここに数値を入れるとトポグラフィー描画モードになります．
画像は400-600msの平均電位のトポを出したい場合．
単一の数値でも機能します．
ただ①で紹介した[Sel. all]をやってからでないと，
Plot ERPsを押してもエラーが出ます．
プログラムで電極が5個以上選択されていないと
出してくれないようになっているからです．
しかしここで出せるのは各条件ごとのトポ．
差分など好きなデータでトポを出したい場合は
いくつかのmファイルを書き換えます．
ポイントになるのは
std_erpplot
std_chantopo
std_readdata
の三つです．
このうち今回はできるだけ書き込みがバグにならないように，
std_erpplotのみを書き換えて，
後は手打ちで算出するという方法にします．
which std_erpplot
とかでどこにあるかを探してeditorで見てみます．
長いので細かくは見ませんが，
約330-340行目くらいにある以下の記述を変更します．
% compute statistics and plot
% ---------------------------
[pcond pgroup pinter] = std_stat(erpdata, 'groupstats', opt.groupstats, 'condstats', opt.condstats, ...
'statistics', opt.statistics, 'naccu', opt.naccu, 'threshold', opt.threshold);
locs = eeg_mergelocs(ALLEEG.chanlocs);
locs = locs(std_chaninds(STUDY, opt.channels));
if ~isempty(opt.topotime) & ~isnan(opt.topotime)
std_chantopo(erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', '\muV', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, 'topovals', titlestr, plotcurveopt{:});
else
std_plotcurve(alltimes, erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', 'ms', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, plotcurveopt{:});
end;
ここはデータに基づいて統計解析とデータのプロットをするところです．
注目するのは
std_chantopo(erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', '\muV', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, 'topovals', titlestr, plotcurveopt{:});
です．
ここで
std_chantopo
はトポを表示するmファイルなので，
括弧内で指定したパラメータを引数として持って，
表示処理に向かう感じです．
そこでここで必要になるパラメータをmatファイルに保存してしまいます．
そのためのスクリプトが以下，
%% added by Noriaki Kanayama
condition=STUDY.condition;group=STUDY.group;
save('std_topo_set.mat','erpdata','condition', 'group', 'allinds', 'opt', 'pgroup', 'pcond', 'pinter', 'locs', 'titlestr', 'plotcurveopt','-mat');
%% added by Noriaki Kanayama
これを
std_chantopo(...
の直前に貼り付けます．
（もちろん%%がついている行はコメントなので任意で．
でもmファイル改変なので，後で検索しやすいようにしておくとよいです）
すると
std_topo_set.mat
というマットファイルを「トポを表示する」たびに
カレントフォルダに算出してくれます．
これで改造は終了です．
プログラムの途中で変数をファイルに保存しているだけなので，
基本的に他のどんな作業にも影響を与えないはずです．
このmatファイルを使うと，
後々楽に色々できます．
では続きは別で
改造編と称していますが，
これはEEGLAB既存のmファイルを書き換えるからです．
基本的に悪さをしない書き換えをしていますが，
嫌な人はSTUDYファイルを作る際に，
差分したデータセットを用意して，
それをつかって①をやる，という感じにすればよいと思います．
では本題．
「①準備編」で紹介したことができている前提です．
先ほどのParam設定の中に
[Plot scalp map at latency [ms]]
という設定がありました．
さきほどはスルーしていましたが，
ここに数値を入れるとトポグラフィー描画モードになります．
画像は400-600msの平均電位のトポを出したい場合．
単一の数値でも機能します．
ただ①で紹介した[Sel. all]をやってからでないと，
Plot ERPsを押してもエラーが出ます．
プログラムで電極が5個以上選択されていないと
出してくれないようになっているからです．
しかしここで出せるのは各条件ごとのトポ．
差分など好きなデータでトポを出したい場合は
いくつかのmファイルを書き換えます．
ポイントになるのは
std_erpplot
std_chantopo
std_readdata
の三つです．
このうち今回はできるだけ書き込みがバグにならないように，
std_erpplotのみを書き換えて，
後は手打ちで算出するという方法にします．
which std_erpplot
とかでどこにあるかを探してeditorで見てみます．
長いので細かくは見ませんが，
約330-340行目くらいにある以下の記述を変更します．
% compute statistics and plot
% ---------------------------
[pcond pgroup pinter] = std_stat(erpdata, 'groupstats', opt.groupstats, 'condstats', opt.condstats, ...
'statistics', opt.statistics, 'naccu', opt.naccu, 'threshold', opt.threshold);
locs = eeg_mergelocs(ALLEEG.chanlocs);
locs = locs(std_chaninds(STUDY, opt.channels));
if ~isempty(opt.topotime) & ~isnan(opt.topotime)
std_chantopo(erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', '\muV', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, 'topovals', titlestr, plotcurveopt{:});
else
std_plotcurve(alltimes, erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', 'ms', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, plotcurveopt{:});
end;
ここはデータに基づいて統計解析とデータのプロットをするところです．
注目するのは
std_chantopo(erpdata, 'condnames', STUDY.condition, 'plottopo', fastif(length(allinds)==1, 'off', 'on'), ...
'datatype', 'spec', 'plotmode', opt.plotmode, 'groupnames', STUDY.group, 'unitx', '\muV', ...
'groupstats', pgroup, 'condstats', pcond, 'interstats', pinter, ...
'chanlocs', locs, 'plotsubjects', opt.plotsubjects, 'topovals', titlestr, plotcurveopt{:});
です．
ここで
std_chantopo
はトポを表示するmファイルなので，
括弧内で指定したパラメータを引数として持って，
表示処理に向かう感じです．
そこでここで必要になるパラメータをmatファイルに保存してしまいます．
そのためのスクリプトが以下，
%% added by Noriaki Kanayama
condition=STUDY.condition;group=STUDY.group;
save('std_topo_set.mat','erpdata','condition', 'group', 'allinds', 'opt', 'pgroup', 'pcond', 'pinter', 'locs', 'titlestr', 'plotcurveopt','-mat');
%% added by Noriaki Kanayama
これを
std_chantopo(...
の直前に貼り付けます．
（もちろん%%がついている行はコメントなので任意で．
でもmファイル改変なので，後で検索しやすいようにしておくとよいです）
すると
std_topo_set.mat
というマットファイルを「トポを表示する」たびに
カレントフォルダに算出してくれます．
これで改造は終了です．
プログラムの途中で変数をファイルに保存しているだけなので，
基本的に他のどんな作業にも影響を与えないはずです．
このmatファイルを使うと，
後々楽に色々できます．
では続きは別で