最も一般的な被毛色/パターンはブラウンタビー（茶縞）であるが、三毛を含むあらゆる被毛色のメインクーンが存在する。しかし、チョコレート、ラヴェンダー、濃いタビー、局所的な色パターン（サイアミーズ：シャム猫）のメインクーンは存在しない。目の色も極めてバラエティに富んでいる。あらゆるパターンで、グリーン、グリーンゴールド、または、ゴールドという目の色がある。被毛が白のメインクーンの場合、両目がブルー、または、片目がブルーでもう一つの目がゴールドというものもいる。額に特徴的な「M」型の模様があるのが一般的である。
毛はミディアムロングで密集しており、胸元にはライオンのたてがみに似たひだ襟のような長い毛がある。このためmaine coonをmane coon（メーンクーン、maneはたてがみの意） と冗談交じりで表記することもある。 被毛が下毛と長めの上毛の2層になっているのが、メインクーンの特徴である。被毛は、一般的にとても柔らかい。パンタロンとかズボンなどと呼ばれる足の後ろ側にある長い毛と、指の間にある長い毛のおかげで、寒さの中でも体温を保つことが出来る。尻尾がとても立派にふさふさとしているため、「尻尾にくっついている猫」という異名すら得ている。
初期のメインクーンは、持ち前の太足、飾り毛によって、そして多指症の兆候が強くあったため足場を取りやすく、雪上での活動に有利であったとされるが次第に多指症の傾向は逆転するに至っている。
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