■弊環境
CodeIgniter1.6.3 日本語パック
FCKeditor 2.6 日本語版
PHP 5.2.1

■参考サイト
http://www.simplecoding.org/podklyuchaem-fckeditor-k-codeigniter.html
ウラジミール スタセンコ(?)さん、ありがとう!!
以下、適当な日本語に訳して書きますね。

■手順
(1) ダウンロードしてきた fckeditorディレクトリをWebルートに配置。
(2) codeigniter/application/config/fckeditor.php 設定ファイルを作成。
<?php
$config['fckeditor_path'] = 'fckeditor/';
$config['fckeditor_url'] = 'fckeditor/';
$config['fckeditor_name'] = 'MyFCKeditor';
$config['fckeditor_height'] = 300;
?>

(3) codeigniter/application/libraries/fcke.php ライブラリファイルを作成
<?php if (!defined('BASEPATH')) exit('No direct script access allowed');
/**
* FCKeditor接続
* @version 0.1
* @link http://www.simplecoding.org
* @author ウラジミールStatsenko * @ <vova_33@gala.net>
** /
class FCKe {

private $editor = null;

function FCKe() {
$CI = &get_instance();

//設定ファイルからデータを読み込む
$CI->config->load('fckeditor');

$fcke_url = $CI->config->item('base_url').$CI->config->item('fckeditor_url');
$fcke_path = substr(FCPATH, 0, strrpos(FCPATH, DIRECTORY_SEPARATOR) + 1)
.$CI->config->item('fckeditor_path');
include_once($fcke_path.'fckeditor.php');

$this->editor = new FCKeditor($CI->config->item('fckeditor_name'));
$this->editor->BasePath = $fcke_url;
$this->editor->Height = $CI->config->item('fckeditor_height');
}

function __call($method, $arguments) {
return call_user_func_array(array($this->editor, $method), $arguments);
}

//2009.02.16 追記
function __set($name, $value) {

$this->editor->$name = $value;
}
 }

/* End of file fckeditor.php */
/* Location: ./system/application/libraries/fckeditor/fckeditor.php */
?>

(4) .htaccessの mod_rewrite設定で、fckeditorディレクトリをエスケープするよう記述。
(5) コントローラからライブラリを読み込み、ヴューを呼び出し。
//FCKEditor呼び出し
$this->load->library('fcke');
$data['editor'] = $this->fcke->CreateHtml();
$this->load->view('edit', $data);

(6) ヴューでエディタを表示。
//FCKEditor
echo $editor;



これで動くはずよー。