0x02001B86から３バイトがストーリーの進行度となっている。初期状態から弄るとNPCの配置が変わり、ロックマンとの会話もその進行度のものになる。有名なのがクリア後BGMを元に戻すやつ。誰得だけど、一応一覧を載せておく。
・１話（ブラストマン）
はじめから～チュートリアル終了まで
00 00 00
戦闘チュートリアル終わって、初日終了まで
01 00 00
初登校～事件発生前（ロックマンがコピーロイドで話しかけるところまで）
02 00 00
事件発生～ロボせいぎょPCの電脳１へ行くまで
03 01 00
ロボせいぎょPCの電脳～ブラストマン討伐まで
04 01 00
ブラストマン討伐後～セントラルエリア３の銅像をみるまで
05 02 00
・２話（ダイブマン）
コジローがペンギン連れて来るところ～ペンギンに餌あげるところまで
10 10 00
シーサイドエリアに掲示板見に行くところ～掲示板見に行ったところまで
11 10 00
シーサイドタウンへ行く前～帰って寝るまで
12 10 00
水族館へ行くところ～水族館見て帰るところまで
13 10 00
水族館で事件発生～ダイブマン討伐まで
14 11 00
討伐後～コジローが捕まって救出されるまで
15 11 00
ダイブマン事件解決後～寝るまで
16 12 00
・３話（サーカスマン）
ロックマンの悪夢見るところ～６－１教室へ行くまで
20 20 01
アイリスと話すところ～広場でのイベント終了まで
21 20 01
家帰る前～アイリスに引き止められるところまで
22 20 01
セントラルエリア３へ行くところ～電脳獣と対峙するところまで
22 21 01
パパに話しかけにいくところ～電脳獣吸収するところまで
23 21 01
いやしの水探しにいくところ～獣化チュートリアルまで
24 22 01
コジローが家に来るところ～サーカスマン討伐まで
25 23 01
・４話（ジャッジマン）
セントラルエリアのカフェへ行くところ～メール届くところまで
30 30 01
グリーンタウンへ行くところ～家帰って寝るところまで
31 30 01
翌日の授業中
32 30 01
翌日パパが逮捕されたメールが来たところ～六方悟に会いに行くところまで
32 31 01
セントラルエリアのカットシーン～ジャッジマン討伐まで
33 32 01
討伐後～コジローがバケツの罰受けてるところまで
33 33 01
・５話（エレメントマン）
入道がバレルと会話するシーン～説明受けるシーンまで
40 40 02
ウェザーくんのところへ行くところ～しょうりカード見せるところ
41 40 02
ウラインターネットに行くところ～次の日の放課後前のイベントシーンまで
42 41 02
放課後～学園の外出るまで（天気がおかしくなる）
43 42 02
家に入る直前～テレビでアイリス発見まで
43 43 02
スカイタウンへ～エレベータで上に上がるまで
43 44 02
道を塞いでるところ～道を開放まで
44 44 02
中に入るところ～熱斗が傘使って落ちるところまで
45 44 02
ウェザーくんのところへ行く～エレメントマン事件解決
46 44 02
・６話（カーネル）
バレルのイベントシーン（先生出てくるところ）～月の石入手して寝るところまで
50 50 02
秋原町に行く前～ブラストマン＆ダイブマンが登場するシーンまで
51 50 02
ウラインターネット２へ行く～サーカスマンにロックマン取られるところまで
51 51 02
セントラルタウンに帰るところ～オート電話くるところまで(ロックマンが暴れてる)
51 52 02
シーサイドタウンへ行くところ～シーサイドタウンの事件が落ち着くところまで
52 53 02
マッハ先生からメール～ロックマンに会いに行くところまで
52 54 02
Fビーストと対戦～カーネル討伐まで
53 54 02
・最終話
ワイリーのイベントシーン～アイリス救出後まで
60 60 03
コジローたちの後を追いかけるところ～家入った後のイベントシーンまで
60 61 03
みんなを誘うところ～寝るまで
61 61 03
秋原町のみんなが来るところ～ラリー終わって逃走するところまで
62 61 03
マッハ先生が助けてくれるイベント～サーカスマン討伐まで
63 62 03
最終戦
64 62 03
エピローグ
65 62 03
・パビリオンの電脳について
街のBGMを通常にしたままにするにはチート以外では、みんなを万博に誘う日からノーセーブでクリアすればいい。だが、それをやるとパビリオンの電脳のHPメモリ等が取れない。それを両立させるために、マップ移動チートを使って先取りしてしまう方法がある。（ぶっちゃけコピーロイドの部屋前まで普通に進めて進行度を『61 61 03』にすればいいだけなんだけど）以下、各進行度のパビリオンの電脳の状況。
パビリオンの電脳１（水族館）
初期状態でもクリア可能。コントロールパネルを操作できるがイベントが進まない。
この状態のままプラグアウトし、正規の進行度で中に入ると入った瞬間にイベントが始まり、即プラグアウトとなって先に進めるようになる。
パビリオンの電脳２（しんぱんの木）
進行度『63 62 03』まで一切ギミックが作動しない。（草が生えない）なのでチートで進行度を変更して、アイテムを取るしかない。（通常でも行けなくはないが、バリアが邪魔して通れなくなる）
パビリオンの電脳３（ウェザーくん）
進行度『61 61 03』の時点（実際はもうちょい前かも）で、移動する雲が出現。これで雲の上のHPメモリが取れる。もちろんギミックを突破可能だが、エレメントマンとの戦闘にはならない。
パビリオンの電脳４（ロボせいぎょPC）
進行度『63 62 03』まで怨霊を倒しても何も起こらない＆何度でも戦闘可能。この状態で一度戦闘し、討伐してプラグアウトする。その後、正規の進行度でいずれかの怨霊に話しかけると即爆破して倒されるイベントが開始。（倒したのと話しかけるのが違うものでも大丈夫。消えるのは倒した怨霊）進行度『63 62 03』なら正規の状態なので、普通に攻略可能。
これらを全て攻略した状態にしておき、進行度を元に戻して普通に攻略してパビリオンのところまで進めると、ただ歩いてボスナビと戦うだけの作業と化す。