近年、「アメリカインディアン」という呼称について差別を助長するという理由から、ネイティブ・アメリカン(Native American)と呼び替える動きが進んでいるが、これら「アメリカ」を含む単語はアメリカ合衆国内の先住民のみを指す場合もある。ネイティブ・アメリカンという呼称はインド人(Indian)を祖先に持つインド系アメリカ人(Indian American)と区別するために、人類学者が作った造語である。アメリカ先住民の活動家、ラッセル・ミーンズ(Russell Means)は、アメリカ先住民への承諾なしに政府がこの用語を使用しているとして批判している。別の視点では、白人が過去の不正行為から目を背けて「インディアン」という言葉を削除しようとしているのではないかという疑問もある。さらには、「ネイティブ」という単語は「?生まれ」を意味するため、アメリカで生まれた人すべてを指すことにもなるという意見も出ている(これを区別するため、一般的にネイティブ・アメリカンの表記では大文字のNを使用している)。 また、「アメリカインディアン」と呼ばれることに誇りをもつ先住民はこれを自称し、またその名称を替えること自体が差別的であるとする見解もある。これはそもそもアメリカという地名そのものが後付であるという見解からである。また、インディアンは差別語ではないという人は少なくない。1996年の先住民に対する調査では、ネイティブ・アメリカンよりもアメリカン・インディアンという呼称のほうが好まれるという結果も出ておりインディアンと呼ばれる事に誇りを持っている人も多い。 とはいえ、ほとんどのアメリカン・インディアンは、インディアン、アメリカン・インディアン、ネイティブ・アメリカンという用語に不快感はなく、いずれも同じ意味合いで使用されている。2004年にワシントンD.C.で開館した博物館の名前は、国立アメリカ・インディアン博物館となった。 カナダでは、イヌイットとメティ（Metis、先住民とヨーロッパ人両方の血を引く人々とその子孫）を除く先住民の総称としてファースト・ネーションズという呼称が一般的であり、ハイダ、クリー等個々の部族を指すときは部族名の後に「ファースト・ネーション」をつける（例：ハイダ・ファースト・ネーション）。メティの人々の総称はメティ・ネーションである。また、会話中ではネイティブ・カナディアン(Native Canadian)という呼称が使われることもある。
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