全て自己責任でお願いします。
予備としてスマホ版などにもデータを連携しておくと安心かと思います。
また、僕はWindows8.1で操作しています。異なるOSをご利用の方はご了承下さい。
1.いつも使っているアカウントの連携コードを発行する。
初めてPC版に連携した時のようにコードを発行してください。
2.Shadowverseの捨てアカウントを作る。
スマホでも何でもいいので消えてもいいようなアカウントをひとつ用意してください。
3.DMM版クライアントに捨てアカウントを連携させる。
「現在連携されているアカウントが上書きされますがよろしいですか？」みたいなのが出てきていればよし。
この際、連携コードが発行されてないと元のデータが消えてしまうので注意。
必ず連携コードを発行してから捨てアカウントを連携させてください。
4.DMM版のShadowverseをアンインストールする
もしくは WindowsのShadowverseのレジストリをすべて消す。
お好みの方法をどっちかお選びください。
DMM版を消す方法（安全策）
文字通りDMM版のShadowverseをアンインストール。
（Shadowverseのレジストリ削除目的）
レジストリを消す方法（より確実な手段）
Winキー+Rを押して出てくるウィンドウに「regedit」と入力して「ok」をクリック
そしたら出てくるユーザアカウント制御のやつを「はい」で答えて先へ進める。
HKEY_CURRENT_USER/Software/Cygames/Shadowverse を参照
なんかいっぱい出てくるので一番上の（既定）以外は全部消せるので全消去。
これがIDの情報とかを保持しているので消さないとSteam版から何もできなくなってしまう。
この方法だとDMM版は消さなくても大丈夫。
5.Steam版クライアントを起動→左上2番目の「データ連携」
元のアカウントの連携コードを入力。
レジストリを消したのでチュートリアルが始まりかけるけど移行できているはずです。
DMM版を消した人でここがダメならレジストリの方法を試してみてください。
ご不明点があればぜひコメントをお待ちしております。