東海道新幹線と接続する米原と金沢をできるだけ速く結ぶための特急で、「かがやき」と共通の、座席間隔の拡大等の各種改装を行った485系が使用され、「加越」の速達列車として運転時間短縮のために停車駅を福井駅のみとした。カラーリングも雷鳥やしらさぎ、加越とは全く違ったビビットなカラー。終点の米原で新幹線ひかり号と接続し、東京まで4時間19分で結ぶ。臨時列車は京都行きになる。
ニセコエクスプレス
ニセコスキー場へのアクセス用に開発。前頭部は傾斜角を大きくとり、大型の曲面ガラスを採用した流線型とされた。JRの鉄道車両として初めてプラグドアを採用し、密閉性の向上と車体外側面の平滑化による着雪防止を図っている。製作当初より季節ごとの臨時列車に使用される。
すずらん
クリスタルエクスプレス
スーパーホワイトアロー
千歳空港〜札幌・旭川間のホワイトアローに新型車両を導入して、最高運転速度の引き上げによるさらなる速達性や、居住性・快適性の向上した新型車両の投入により、「ホワイトアロー」を「スーパーホワイトアロー」に名称を変更し、運転区間も札幌駅 - 旭川駅間に変更された。785系はJR初のインバーター制御車両。
ライラックの系統分離により1992年に登場。本列車は「北斗」系統を補完して道央・道南地区の都市間輸送に重点を置いた性格となっており、「北斗」系統と比較して停車駅が多くなっている。室蘭駅 - 東室蘭駅間は普通列車扱いとなり、各駅に停車する。
ライラック
いしかり号に使用されていた485系1500番代が雪対策をかなり行ったのにもかかわらず冬になると故障が多発したため、最初から北海道に合わせた車両として登場したのが781系。名前もいしかりからライラックへと変えた。ライラックは北海道にしか咲かない花の名前。
おおぞら
北海道初の特急列車として函館〜旭川間に登場。当時としては極めて異例の室蘭本線・千歳線経由だった。最初は旭川行き、後に釧路行きに変更された。「おおぞら」の列車名は、北海道の大地の上に広がる大きな空をイメージしたものである。
スーパー北斗
北斗は函館〜札幌間を走る特急。キハ281系は振り子式でなおかつ日本国内の在来線気動車において、最高速度130km/hでの営業運転を初めて行った系列である。曲線通過速度は本則 + 30km/hで、函館 - 札幌間の最短所要時間は従来の北斗の3時間29分から2時間59分へと大幅に短縮された。
スーパーとかち
とかちはおおぞらの増発により、同列車の札幌駅 - 帯広駅間で運転される列車を分離するかたちで運転を開始した。1991年にはとかちの全列車に2階建て車両キサロハ182形が連結されるようになり、従来の「とかち」と区別するため、列車名を「スーパーとかち」に変更。
トマムサホロエクスプレス
最盛期には6編成を保有していたJR北海道のジョイフルトレインの一つで、車体は新製したがキハ82系の足回りを利用した。客室を全面的にハイデッカーとし、また床面高さも「フラノエクスプレス」のハイデッカー部分よりさらに80ミリかさ上げされ、眺望性が向上した。
北海道5番目のリゾート特急。運行開始時より季節ごとの臨時列車に使用されている。臨時特急「トマムサホロスキーエクスプレス」の運用を主とし、夏場のフラノラベンダーエクスプレスやその他団体列車にも使用されている。性能はニセコエクスプレスと同じ。
スーパーあずさ
梓川から名を取ったあずさは、原則として、新宿駅 - 松本駅間を約1時間あたり1本の割合で運行している。「あずさ」・「スーパーあずさ」は、一部の時間帯を除いて交互に運転されている。一部列車は東京駅や千葉駅発着で運行されている。E351系はJR東日本の車両で唯一振り子式を採用した。
成田エクスプレス
成田空港と東京都心・横浜および東京近郊の主要都市を結ぶ空港アクセス列車として、1991年に登場。東京駅 - 成田空港駅間で15 - 30分間隔で運転されているが、夜間は1時間間隔での運転となる。最初は新宿と横浜のみだったが、後に大宮、大船、池袋、高尾が追加された。253系は成田エクスプレス専用車両。
スーパービュー踊り子
185系踊り子があまりにショボいので、リゾート性を高めた251系が登場。251系はサロンや子供室を備えたリゾート特急だ。新宿、池袋、東京から横浜を経由して伊豆急行の伊豆急下田駅を目指す。全車指定席の上に高いA特急料金のため、名前の知名度のわりに敬遠されがち。
房総ビューエクスプレス
内房線のさざなみ、外房線のわかしおのイメージアップのため255系が登場。白に青の車体、菜の花をイメージした黄色いラインが特徴。普通車座席のシートピッチは970mmで、グリーン車座席のシートピッチは1,160mmである。現在はさざなみを辞めわかしおとしおさいに使用されている。
スーパーひたち
あまり新型車両が入らないために旧型車王国とまで揶揄された常磐線に颯爽と現れたタキシードボディ、それが651系だ。651系は日本の在来線特急で初めて時速130キロ運転をした車両である。スーパーひたちはひたちの速達版で停車駅が少なく、仙台行きなのだ。今のひたちはスーパーひたちとほぼ同じ。
ビバあいづ
あいづは、1993年12月のダイヤ改正で上野〜郡山間が廃止され、磐越西線内のみの特急に生まれ変わった。運転時間1時間、走行距離64.6kmと短距離短時間の特急列車であったことから、編成は「『ビバあいづ』編成」の通称と様々な特色が設けられた。400系と同系統の塗色である銀色を中心にした専用塗装、フリースペースの設置などがされた。
はつかり
南風
ハイパー有明
1958年、東北方面では初の特急列車として上野〜青森間に登場。1982年には盛岡で新幹線に接続する特急になり、1988年青函トンネルの開通で函館に乗り入れた。485系3000番台は485系の前面や塗装を大幅にリニューアルして登場。あまりに顔が違うので新型車のような印象を受ける。
ふじかわ
身延線に初めて登場した特急列車、それがふじかわだ。373系は、165系で運転されていた急行を特急に格上げするため製造され165系同様中長距離普通から特急まで幅広い運用に使えるよう設計された。客用扉は両開き式で、車両端部の片側2か所に設ける。出入台と客室を仕切るデッキ扉は省略され、車内保温対策として客用扉の開閉方式は半自動方式とされた。
あさぎり
あさぎりは元々、小田急電鉄の御殿場線直通急行の名称であったが、1991年にJR・小田急相互直通運転に切り替え、特急に格上げされた。そのJR側の車両が371系だ。371系は100系をベースにした2階建て車両を持つ特急電車。他のJR東海の特急車両と違い、ワイドビューがつかない。1編成しかないので、検査時には小田急20000形が代走する。
しなの
しなのは中央西線経由で名古屋と長野を結ぶ特急列車。中央西線はカーブが多く、従来の特急車両ではスピードアップができないため、日本初の振り子車両381系が投入された。381系の振子装置はコロ軸支持式の自然振子装置であり、これはカーブで車体の重心にかかる遠心力によりコロで支持された車体を傾けるものである。自然振り子は乗り心地が悪いと評判。
スーパー雷鳥”サンダーバード”
スーパー雷鳥は踏切がひとつも無い湖西線内か北陸トンネルでしか時速130キロ運転できないが、この681系ではブレーキ性能の向上をはかり踏切のある区間においても130km/h運転を目指した。さらに将来的には踏切のない湖西線および北陸トンネル内での160km/h運転にも対応できる性能としている。サンダーバードの名の由来は雷鳥の英語を西日本の上層部がサンダーバードだと思い込んでいたから。
スーパー雷鳥
1989年に「雷鳥」にパノラマ型グリーン車と「ラウンジカー」を連結した「スーパー雷鳥」として登場。踏切がひとつも無い湖西線や北陸トンネル内で時速130キロ運転を行う。「スーパー雷鳥」は大阪駅 - 金沢駅間は最速2時間39分で運転された。当初7両編成で運転を開始したが、乗車率の高さからのちに9両編成に、七尾線電化後は基本7両編成+付属3両編成の10両編成に増強されている。
はるか
京都、新大阪から関西国際空港へのアクセス特急として登場。基本は京都駅 - 関西空港駅間で運行され、概ね30分間隔で1日60本（30往復）が運行されている。京都からしばらくは嵯峨野線を走行し、さらに新大阪から梅田貨物線を経由して大阪環状線に乗り入れる。最初は5両だったが、好評なためもう1両追加し6両編成になった。
くろしお
元々くろしおは和歌山〜名古屋間の特急であったが、1978年に紀勢本線の和歌山から新宮までが電化されると、非電化区間を南紀として分離し、381系の電車特急に生まれ変わった。くろしおとは紀伊半島南部の南を流れる日本海流の別名。紀伊半島も中央西線と同様にカーブが多いため、振り子式が活躍する。
スーパーくろしお
天王寺駅の短絡線完成により関西本線と阪和線の線路が繋がり、大阪環状線方面からの乗り入れが可能になった。それに合わせて、381系車両にパノラマ型グリーン車を連結した列車として運転を開始し、同車を使用した列車は「スーパーくろしお」として、パノラマ型グリーン車を連結していない「くろしお」と区別した。京都・新大阪から梅田貨物線を経由して阪和線・紀勢本線に乗り入れる。
雷鳥
1964年、大阪駅と北陸地方を結ぶ特急列車として登場したのが雷鳥だ。雷鳥は富山県などに住む特別天然記念物。485系は481系の改良型で、直流、交流50ヘルツ、交流60ヘルツに対応している電化されているのならば日本全国どこでも走れる特急電車。日本全国いたのだが、最近はめっきり数が減った。
しらさぎ
東海道新幹線が開業した1964年に名古屋駅 - 富山駅間の特急列車として運転を開始したのがしらさぎだ。定期列車は名古屋駅 - 金沢駅間で8往復、米原駅 - 金沢駅間で8往復の計16往復、1時間ごとに1本、米原駅の下り列車をおおむね毎時56分発、金沢駅の上り列車をおおむね毎時48分発で運転している。米原駅で新幹線ひかりと接続する。
かがやき
1988年に金沢駅 - 長岡駅間で運転を開始し、「北越」の速達列車として位置付けられ、停車駅は直江津駅・魚津駅（一部のみ）・富山駅・高岡駅のみに限られていた。長岡で上越新幹線あさひに接続するように考慮されたダイヤで、金沢駅 - 上野駅間は4時間10分に大きく短縮された。列車名は公募によって決定された。
しおかぜ・いしづち
四国で初めての特急がしおかぜ。高松と宇和島を結んでいたが、1988年の瀬戸大橋開通、さらに1992年に高松から伊予市の間が電化され、それに伴い気動車から振り子式の8000系電車に置き換えられた。いしづちは石鎚山から名付けられたもので、しおかぜの岡山発着化に伴い高松発着の特急に付けられた。宇多津から松山はしおかぜといしづちが連結することが多い。
うずしお
高松と徳島を結ぶ都市間特急。2往復だけが瀬戸大橋を渡って岡山まで乗り入れる。キハ185系は経営基盤の脆弱が予想されるJR四国の経営安定化を図る目的で開発された。また、短編成での小単位輸送に用いることを念頭に置いて設計されているほか、さらに徹底したコストダウンも図られた。さらに、余剰となった一部のキハ185系が九州に渡り、急行気動車を置き換えた。
岡山と高知・中村を走る特急。岡山乗り入れと同時に高松発着はしまんとに分離。2000系は気動車としては世界初の振り子式気動車である。振り子とはいえ遠心力による自然振り子で乗り心地が最悪の381系とは違い、こちらはあらかじめ機械的に計算されている角度に傾くことで、乗り心地の向上を図った。後に宿毛まで乗り入れるようになった。
つばめ
鹿児島本線の特急有明のうち、西鹿児島駅（現在の鹿児島中央駅）発着列車を1992年7月に「つばめ」として分離したものが発端である。つばめはもともとは東海道本線の超特急で、その栄光の歴史から格が高すぎるのでしばらくお蔵入りしていたが、JR九州は名称復活に関し、JRグループ各社から事前に了承を得るという手続きを行っている。787系はつばめ専用として開発され、ビュッフェやつばめレディの乗務など、名列車の名に恥じぬ豪華さを誇る。
ソニック883
1995年、博多〜大分間での高速バスとの競争激化により、振り子式の883系が投入され、ソニックにちりんと名付けられた。883系は、前の787系は長距離輸送を目的として製造されたのに対し、本系列は比較的短距離輸送を目的としているためデザインやコンセプトが異なっている。日中は博多駅 - 大分駅間で1時間あたり上下各2本を運行しており、この区間を約2時間で結んでいる。
博多〜熊本間を走る有明のうち、新たに783系で運行する全列車に、スーパー有明に替えて車両愛称のハイパーサルーンにちなんだ「ハイパー有明」の列車名が与えられたが、1992年の「つばめ」運行開始時に「ハイパー有明」の名称は廃止された。783系はJRグループで初めて新造された特急電車。有明、かもめ、にちりん、つばめに投入された。現在はハウステンボスやにちりん等に使用。
ハウステンボス
3月25日、ハウステンボス開園と同時にデビュー。3月10日にハウステンボスの最寄り駅としてハウステンボス駅が開設され、同時に早岐駅 - ハウステンボス駅間の1区間のみ電化された。大村線に乗り入れる優等列車としては初の特急列車である。元々は赤い485系だったが、かもめ みどりと併結すると紛らわしいので、このような派手な塗装になった。
かもめ
博多〜長崎を結ぶ特急列車。定期列車は博多駅 - 長崎駅間25往復、博多駅 - 佐賀駅間3往復、肥前鹿島発博多行き上り1本と、平日のみ長崎発諫早行きの上り1本が運行されている。レッドエクスプレスというのは、JR化後にJR九州のコーポレートカラーの赤に塗り替えられた485系のことである。当時はみどりやハウステンボスと併結して運転していたが、現在はかもめだけで長崎に向かう。
みどり
定期列車は全列車博多駅 - 佐世保駅間において16往復が運転されている。全列車ハウステンボスと早岐駅まで連結する。太陽と緑の国に因むとされている。かもめとの連結および佐世保線内の輸送需要の関係上、当時の特急列車としては異例の短編成となる4両編成とされ、以降現在まで基本的に4両編成で運行されている。現在はかもめとは連結しない。
にちりん
博多と西鹿児島を日豊本線で結ぶ特急として登場。列車名の由来は、太陽を表す「日輪」を平仮名にしたものである。実はにちりんの前身は「ひかり」で、新幹線の最速列車の名前に使用することになりにちりんに改名、そのまま特急になった。かもめやみどり、ハウステンボスとは違い、ただのレッドエクスプレスである。
ゆふいんの森
博多から久大本線経由で由布院、別府を目指すリゾート特急。1989年に運転開始した観光列車で、現在九州各地で運行されている「D&S列車」（デザイン＆ストーリー列車）の尖兵となった。当初から専用編成に予備がない関係で臨時列車として運行されている。「ゆふいんの森」は由布岳と湯布院町（当時）にちなんでおり、牧歌的な風景をイメージしたものである。