Perlで2つのファイル比較を行う場合、File::Compareモジュールを使用すると簡単です。
use File::Compare;
if(compare("file1","file2") == 0) {
print "equal\n";
}
compareの戻り値は比較したfile内容が同じなら"1"、違う場合は"0"、
ファイルがない等errorの場合は"-1"になります。
File::Compareはcompare_text関数があります。DESCRIPTIONをみてもよくわかりません...が、
何となく、各行に処理を加えて比較したい場合に有効そうです。
例えば、大文字/小文字を区別したくない場合
compare_text("file1","file2", sub {lc($_[0]) ne lc($_[1])});