ピーター（トビー・マグワイア）は幼い頃に両親を亡くし、
心優しい伯父のベン（クリフ・ロバートソン）と伯母のメイ（ローズマリー・ハリス）との３人暮らし。
少々ドンくさく学校でも目立つ存在ではないピーターは、
幼い頃から恋心を抱いている隣人のMJことメリー・ジェーン（キルスティン・ダンスト）にも
思いを伝えられずにいる。
友達と呼べるのは、
同級生のハリー（ジェームズ・フランコ）と趣味のカメラだけだ。
ある日、ピーターたちは学校の課外授業で、
遺伝子組み換えで作りだされたスーパースパイダーを見学。
そこで、ピーターは水槽から脱出したクモに手を噛まれてしまった！
翌朝、ピーターの身体に異変が起こる。
運動とは縁のなかった肉体がいつの間にかマッチョに変身、
視力も格段にUPしていたのだ。
