Freeのthrouput imaging analysis softwareの説明書です。各種ファイルに対応しているだけでなくMETA形式のDATEも読み込み設定できます。
CellProfilerのマニュアルへようこそ！
画像セルおよび他の生物学的サンプルに生物学的プロセスおよびヒト疾患用光/蛍光顕微鏡を勉強ほとんどの研究室。自動化された顕微鏡は、目で検査し、画像から求められた情報は、ますます定量的かつ複雑であることができるよりも速く画像を収集として、これらの画像を分析するためのソフトウェアのための強力かつ需要が高まっています。
CellProfilerは、特にハイスループット実験では、生体画像からのデータを定量化するための汎用性の高い、オープンソースのソフトウェアツールです。CellProfilerは、すべての画像にサイズ、形状、強度、およびすべての細胞（または他のオブジェクト）の質感を測定し、画像のモジュラー、柔軟、ハイスループット分析用に設計されています。ユーザーは、ポイントアンドクリックのグラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）を使用して、画像分析「パイプライン」、それぞれ照明補正、オブジェクト識別（セグメンテーション）、オブジェクト測定などの画像処理機能を実行する一連のモジュールを構築します。ユーザーはモジュールを組み合わせて組み合わせ、設定を調整して目的の表現型を測定します。元々高スループット画像のために設計されたが、それは、同様に、低スループットアッセイに適しているだけでなく（<100枚の画像、すなわち、アッセイ）。
アッセイの客観性及び統計的検出力を増加させながらCellProfilerを迅速画像から貴重な生物学的情報を抽出することができます。これは、標準的なアッセイ（例えば、細胞数、サイズ、セル当たりのタンパク質レベル）だけでなく、複雑な形態学的アッセイ（例えば、細胞/細胞小器官の形状やDNAやタンパク質染色の細胞内パターン）を含め、研究者は定量的に生物学的な質問の様々なアプローチができます。
CellProfilerによって生成される測定値の多種多様な機械学習アルゴリズムのために有用な「原料」として機能します。CellProfilerのコンパニオンソフトウェア、CellProfilerアナリストは、あなたの指導に基づいて、目的の表現型を認識することを学ぶことができます分類子と呼ばれるインタラクティブな機械学習ツールを持っています。あなたはトレーニングフェーズを完了すると、CellProfilerアナリストはCellProfilerの測定値に基づいて、あなたのイメージ内のすべてのオブジェクトを獲得します。CellProfilerアナリストはまた、CellProfilerによって生成されたデータを対話的に可視化するためのツールが含まれています。
要約すると、CellProfilerは含まれています。
· 正確混雑細胞および非哺乳類細胞型を同定することができる画像解析のための高度なアルゴリズム。
· 新しいアッセイと表現型の分析を可能にするモジュール式の柔軟な設計。
· 基礎となる方法論が既知であり、他者が修正または改善できるようにするオープンソースコード。
· ユーザーフレンドリーなインターフェース。
· ハイスループットコンピューティング（クラスター、クラウド）を使用する機能。
· 画像分析に通常含まれる多くのステップの退屈な作業を排除する設計。その多くはプロジェクト間で簡単に移動できません（たとえば、画像のフォーマット、複数の画像分析ステップの組み合わせ、またはわずかに異なるパラメーターで分析を繰り返す） 。
参考文献
参考文献の完全なリストについては、私たちの訪問引用ページを。
· カーペンターAE、ジョーンズTR、ランプレヒトMR、クラークC、カンIH、フリマンO、ガーティンDA、チャンJH、リンドクイストRA、モファットJ、ゴルランドP、サバティーニDM（2006）「CellProfiler：細胞表現型を識別および定量するための画像解析ソフトウェア」ゲノム生物学 7：R100（リンク）
· Kamentsky L、Jones TR、Fraser A、Bray MA、Logan D、Madden K、Ljosa V、Rueden C、Harris GB、Eliceiri K、Carpenter AE（2011）「CellProfilerの構造、機能、互換性の改善：モジュラーハイスループット画像解析ソフトウェア」Bioinformatics 27（8）：1179-1180（リンク）
· ランプレヒトMR、サバティーニDM、カーペンターAE（2007）「CellProfiler：無料、自動化された生物学的な画像解析のためのソフトウェア汎用性の高い」 バイオ技術 42（1）：71-75。（リンク）
· ジョーンズTR、カーペンターAE、ランプレヒトMR、モファットJ、銀S、グルニエJ、ルートD、Golland P、サバティーニDM（2009）「反復フィードバックおよび機械学習と画像ベースのスクリーニングにおける多様な細胞形態をスコアリング」PNAS 106（6 ）：1826-1831（リンク）
· Jones TR、Kang IH、Wheeler DB、Lindquist RA、Papallo A、Sabatini DM、Golland P、Carpenter AE（2008）「CellProfiler Analyst：複雑な画像ベースの画面のためのデータ探索および分析ソフトウェア」 BMC Bioinformatics 9（1）：482 （リンク）