趣味と仕事 -2ページ目

趣味と仕事

あれこれ

メニューオプション

CellProfilerのメニューをナビゲートする手順。

·         [ファイル]メニューを使用しました

·         [編集]メニューの使用

·         テストメニューを使用します

·         ウィンドウメニューを使います

·         パラメータサンプリングメニューの使用

·         データツールメニューの使用

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表示オプション

CellProfilerの対話型モジュール出力ディスプレイを使用するためのヒントと手順。

·         表示ウィンドウのメニューバーの使用

·         インタラクティブナビゲーションツールバーの使用

·         画像ツールの使用方法

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プロジェクトの作成

プロジェクトを構成し、イメージをロードする方法を学びます。

·         プロジェクトの概要

·         入力する画像を選択する

·         分析のための設定の画像

·         画像スタックとムービーのロード

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パイプライン

CellProfilerパイプラインを作成、実行、デバッグする方法を学びます。

·         パイプラインを構築する方法

·         テストメニューを使用します

·         パイプラインを実行する

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出力を使用する

CellProfilerによって生成されたデータを操作およびエクスポートする方法を学びます。

·         測定は、名前の付け方

·         スプレッドシートとデータベースの使用

·         プレートビューア

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その他の機能

CellProfilerのその他の機能について説明します。

·         トラブルシューティングメモリと速度の問題

·         バッチ処理

·         複数のパイプラインを実行します

·         ロギングの構成

·         OMEROからのアクセスイメージ

·         プラグインを使用する

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モジュール

·         入力

o    画像

o    メタデータ

o    NamesAndTypes

o    グループ

·         ファイル処理

o    CreateBatchFiles

o    ExportToDatabase

o    ExportToSpreadsheet

o    LabelImages

o    データを読み込む

o    SaveCroppedObjects

o    SaveImages

o    非推奨

·         画像処理

o    整列

o    ColorToGray

o    CorrectIlluminationApply

o    CorrectIlluminationCalculate

o    切り抜き

o    EnhanceEdges

o    EnhanceOrSuppressFeatures

o    FlipAndRotate

o    GrayToColor

o    ImageMath

o    InvertForPrinting

o    MakeProjection

o    MaskImage

o    モーフ

o    OverlayOutlines

o    RescaleIntensity

o    リサイズ

o    なめらか

o    しきい値

o    タイル

o    UnmixColors

·         オブジェクトの処理

o    ClassifyObjects

o    ConvertObjectsToImage

o    EditObjectsManually

o    ExpandOrShrinkObjects

o    FilterObjects

o    IdentifyObjectsInGrid

o    IdentifyObjectsManually

o    IdentifyPrimaryObjects

o    SpecifySecondaryObjects

o    IdentifyTertiaryObjects

o    MaskObjects

o    RelateObjects

o    ResizeObjects

o    SplitOrMergeObjects

o    TrackObjects

·         測定

o    MeasureColocalization

o    粒度の測定

o    MeasureImageAreaOccupied

o    MeasureImageIntensity

o    MeasureImageOverlap

o    MeasureImageQuality

o    MeasureImageSkeleton

o    MeasureObjectIntensity

o    MeasureObjectIntensityDistribution

o    MeasureObjectNeighbors

o    MeasureObjectSizeShape

o    MeasureObjectSkeleton

o    MeasureTexture

·         データツール

o    CalculateMath

o    CalculateStatistics

o    DisplayDataOnImage

o    DisplayDensityPlot

o    DisplayHistogram

o    DisplayPlatemap

o    DisplayScatterPlot

o    ExportToDatabase

o    ExportToSpreadsheet

o    FlagImage

o    MergeOutputFiles

·         高度な

o    閉鎖

o    DilateImage

o    DilateObjects

o    侵食

o    FillObjects

o    GaussianFilter

o    MatchTemplate

o    MedianFilter

o    MedialAxis

o    MorphologicalSkeleton

o    オープニング

o    ReduceNoise

o    RemoveHoles

o    RemoveObjectsBySize

o    ShrinkToObjectCenters

o    流域

·         ワームツールボックス

o    IdentifyDeadWorms

o    ワームをまっすぐにする

o    UntangleWorms

·         その他

o    DefineGrid

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