当方の自動運転レイアウトのスケジュールで説明します。
今回は車両編成数ごとの停車位置をします。

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このレイアウトの複線内側の線で説明します。
駅1号線、駅2号線があり、退避ができるようになっています。

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それを元にスケジュールを作ってみましょう。
まずは 2st (1loop) (駅2号線 1周)のスケジュールを作成します。
これは反時計回りに走行させます。

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作成した 2st (1loop) (駅2号線 1周)のスケジュールをコピーペーストしてもう1個 作成します。
名前を 2st (1loop)(B train) と名前を付けBトレ用のスケジュールにします。
Bトレなので電車タイプの動力では先頭位置ではオーバーランしてしまいます。

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エディットモードで 「駅 2号線」のブロックをダブルクリックします。
この駅は1線あたり、4セクションのBDLセンサーを使用していますので、上記の1ブロックあたりのセクションは4つになります。
この状態であればストップインジケーターは両サイドのセクション位置になりますので、ここに追加でブレーキインジケーターを入れたいと思います。
右から2個目のセクションにBトレ用のストップインジケーターを割り当てたいと思います。

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停止させたいセクションをクリックし、次にアイコンが並んでいる青丸の部分(赤三角右)をクリックします。

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そうすると右から2個目のブレーキインジケーターのフラッグの中に赤のブレーキインジケーターのフラッグがあらわれました。
その赤いフラッグをダブルクリックしてみましょう。

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そこで affected state のタグを schedules に合わせます。
次にこのセクションに停車させるスケジュールをAddボタンで決定させます。

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複数スケジュールが存在する場合は Add Groupで orで別グループを作成します。

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最後に、もう一度 Dispatcher の Schedules から 先ほど設定したBトレ用のスケジュールをダブルクリックして開きます。
念のために、このスケジュールのみに動かしたい列車を設定します。
Tarainのタブからこのスケジュールで動かす列車を右リストから選択しOKします。

これで、編成数に応じた設定が可能になりました。これ以外でも設定方法があるかもしれません。
一度試してください。