フォーマットする際に作られます。
例えば、エクセルファイルを作ったとして、Windows等のOSはそのエクセルファイルがハードディスク(メディア)のどの部分に格納されているか分からないと、ファイルを開くことはできません。
ファイルシステムは対応するファイルがハードディスクのどの部分に格納されてくれるか場所を教えてくれます。
それらファイルシステムの情報(ファイルの格納位置、ファイル名、更新情報など)は通常ハードディスクに格納されており、ディスクを認識(マウント)した際に読込まれることで、対応するファイルのハードディスク(メディア)上の格納位置を知ることができるのです。
ファイルシステムが壊れると、ファイルの格納位置を知ることが出来できない等の影響で、実データが破損していなくてもファイルにアクセスできなったり、ファイル名が文字化けしたり、ファイルが消失するなどの影響が出る場合があります。
また、破損がひどいとディスク認識時に『フォーマットしてください』と出たり、まったく認識しないような症状も発生します。