・臨床家の中には、アスペルガーの人がこれらの特徴を有することに全面的には賛成しない者もいる。
たとえばWing と Gillberg はアスペルガーの人が持つ知識はしばしば理解に根付いた知識よりも表層だけの知識の方が多い場合がある、と主張している。しかし、このような限定はGillbergの診断基準を用いる場合であっても診断とは無関係である。
アスペルガーの児童および成人は自分の興味のない分野に対しての忍耐力が弱い場合が多い。
学生時代、「とても優秀な劣等生」と認識された人も多い。
これは、自分の興味のある分野に関しては他人に比べて遙かに優秀であることが誰の目にも明らかなのに、毎日の宿題にはやる気を見せないからである（時に興味のある分野であってもやる気を見せない、という意見もあるが、それは他人が同じ分野だと思うものが本人にとっては異なる分野だからだと思われる。
例えば、数学に興味があるが答えが巻末に載っている受験数学を自分で解くことには興味が持てない、日本語の旧字体に興味はあるが国語の擬古文の読解問題には興味が持てない、など）。ノートやテスト用紙に文字を手書きすることを、とても面倒で苦痛に感じる子供もいる。
一方、反対に学業において他人に勝つことに興味を持ったために優秀な成績を取る人も居り、これは診断の困難さを増す。
他人に自分の主張を否定されることに強く嫌悪感を覚えるという人もいる。このことは学校などで学習上の大きな障害となる。
例えば、教師が生徒にいきなり答えさせ、生徒：「これは○○だと思います」先生：「 違うよね、これは××だよ」というように、否定して答えやヒントを教えるような方法は、アスペルガーの人には相当な苦痛となる。
しかし、多くの成人は、忍耐力のなさと動機の欠如などを克服し、新しい活動や新しい人に会うことに対する耐性を発達させている
アスペルガーの人は正常な知能と社交能力の低さを併せ持つと考える人もいる。
このことは子供時代や、大人になってからも多くの問題をもたらす。
アスペルガーの子供はしばしば学校でのいじめの対象になりやすい。なぜなら彼等独特の振るまい、言葉使い、興味対象、身なり、そして彼等の非言語的メッセージを受け取る能力の低さを持つからである。
彼等に対し、嫌悪感を持つ子供が多いのもこのことが要因だろう。
このため教育の場である学校において、今後はサポート体制の確立や自立の支援、他の子供への理解を深めさせる、といった総合的な支援策が必要になるだろう。
「アスペルガー症候群」という一つのカテゴリーであっても、人によって障害の度合いは千差万別である。例えば、学校の友達と上手く話せたり、話を上手くまとめられるなど、至って軽度な場合もある。
また、上手く話せず、それでもよい友達に巡り会えたから必死で耐えている、というように、自閉度が中度–重度なこともある。
この障害は、カナータイプの自閉症などと違い、一見「定型発達者」に見えるために、周りからのサポートが遅れがちになったりすることが問題となっている。
アスペルガーの人は他の様々な感覚、発達、あるいは生理的異常を示すこともある。
その子供時代に細かな運動能力に遅れをみせることが多い。特徴的なゆらゆら歩きや小刻みな歩き方をし、腕を不自然に振りながら歩くかもしれない。
手をぶらぶら振るなど（常同行動）、衝動的な指、手、腕の動きもしばしば認められる。
アスペルガーの人は感覚的に多くの負荷がかかっていることがある。
音、匂いに敏感だったり、あるいは接触されることを嫌ったりする。
例えば、頭を触られたり、髪を触られるのを嫌う人もいる。
音に神経質過ぎて不眠を訴える人も多い。これが子供の場合、教室の騒音が彼等に耐えられないものである場合等、学校での問題をさらに複雑にすることもある。
別の行動の特徴として、やまびこのように、言葉やその一部を繰り返す反響言語（エコラリア）と呼ばれる症状を示す場合がある。
誤診問題他の精神疾患と誤診される可能性があるとの意見や報道がある[4][5]。誤診されやすいものとして統合失調症が挙げられている。[要出典]
アスペルガー症候群への社会的偏見2001年5月にソニー・ピクチャーズ・エンタテインメント (米国)が「アスペルガー 死の団欒」と名づけて発売する予定だった外国映画（原題は「Absence of the Good」、1999年のアメリカのテレビ映画）が、抗議を受けて発売中止となった。
原題にはアスペルガーという単語は使われておらず（直訳しても「良心の不在」程度にしかならない）、登場人物にもアスペルガー症候群らしい人物は存在しないと考えられる[6]。
また、2008年頃から相次いで医師によるアスペルガー症候群の解説書が刊行されていることについて、医師たちの執筆動機の一つには、あたかもアスペルガー症候群の人物が犯罪を起こしやすいかの様な解釈への対処がある。
この背景には、一部の少年事件の加害者がアスペルガー症候群だと報道されたことが挙げられる。
しかし、アスペルガー症候群の人物が犯罪を起こしやすいというデータは確認されておらず、鑑別所や少年院の中の該当者は2％程度とされている。また、犯罪を起こしたケースについても、対人コミュニケーションスキルの不足から、当人が世の中の仕組みをよく理解できていないことによって軽微な犯罪が引き起こされてしまったケースがほとんどである[7]。
アスペルガー症候群と犯罪 広汎性発達障害のノートに、この節に関係する提案があります。ご意見をお寄せ下さい。
アスペルガー症候群の人は認知の歪みを抱えており、自分の感情をコントロールするのが困難なため、「キレ」やすく、反社会的な行動をとることがあると考える人々もいるが、統計的に立証されておらず、支援団体や一部の専門家は「アスペルガー症候群そのものが犯罪に直結することは決して無い」と強く主張している。
アスペルガー症候群が事件を誘発したのか、もしそうだとしても主たる要因がアスペルガー症候群自体なのかその他の障害なのかについてなど、誘因の特定はきわめて困難である。
現在の診断基準においては、アスペルガー症候群とADHD、チックなどとは重複診断をしないこととなっており、判断はきわめて難しい。