・厚生省診断基準案 [編集]
1.大クライテリア（大基準）
1.生活が著しく損なわれるような強い疲労を主症状とし、少なくとも6ヵ月以上の期間持続ないし再発を繰り返す（50%以上の期間認められること）。
2.病歴、身体所見、検査所見で別表に挙けられている疾患を除外する。
2.小クライテリア（小基準）
1.症状クライテリア（症状基準）-（以下の症状が6ヵ月以上にわたり持続または繰り返し生ずること）
1.徴熱（腋窩温37.2～38.3℃）ないし悪寒
2.咽頭痛
3.頚部あるいは腋窩リンパ節の腫張
4.原因不明の筋力低下
5.筋肉痛ないし不快感
6.軽い労作後に24時間以上続く全身倦怠感
7.頭痛
8.腫脹や発赤を伴わない移動性関節痛
9.精神神経症状（いずれか1つ以上）: 光過敏、一過性暗点、物忘れ、易刺激性、混乱、思考力低下、集中力低下、抑うつ
10.睡眠障害（過眠、不眠）
11.発症時、主たる症状が数時間から数日の間に出現
2.身体所見クライテリア（身体所見基準） - （少なくとも1ヵ月以上の間隔をおいて2回以上医師が確認）
1.微熱
2.非浸出性咽頭炎
3.リンパ節の腫大（頚部、腋窩リンパ節）または圧痛
CFSと診断する場合
大基準2項目に加えて、小基準の「症状基準8項目」以上か、「症状基準6項目+身体基準2項目」以上を満たす
CFS疑いとする場合
大基準2項目に該当するが、小基準で診断基準を満たさない
感染後CFS
上記基準で診断されたCFS（「疑い」は除く）のうち、感染症が確診された後、それに続発して症状が発現した例
但し、以上の基準は初期研究段階において、研究対象にする患者を厳格にふるい分けるために作られたものであり、小クライテリアが多く、また、精神疾患を持っていればCFSから除外という問題のある診断基準であるので、実際の診断にはもっと基準を緩めてもいいのではないかという意見が、一線の研究者からも出ている。
また、CFS患者特定の検査は、近年諸処現れているものの血液などの化学検査でそれ一つで確定できるようなものはない。
現在では、症状を示す他の疾患である可能性を除外する除外診断が一般的である。
このため、客観的にCFSを鑑別できるバイオマーカーの必要性が叫ばれていたが、大阪大学・大阪市立大学共同チームにより、血液 1,2mlに近赤外線をあて、約95%の確率で鑑別できる近赤外線分光法が最近開発された（しかし、CFS患者特有のスペクトルを起こす血液中の物質はまだ特定できておらず、研究プロジェクトを立ち上げる予定）。