Q-A: Our proposal that the system be changed immediately was rejected.
仮定法又は助動詞の問題です。
“proposal (that)…”(…という提案)のthat節のなかでは、通例、「仮定法現在」(動詞の原形)又は”should+動詞の原形”(主としてイギリス英語)が使われます。
よって、問題文(そのシステムが直ちに変更されるべきだとする我々の提案は拒絶された)は、正しい。
= Our proposal that the system should be changed immediately was rejected.