コクシジウム感染症の治療は、抗原虫剤（抗コクシジウム剤）が使用されます。
成犬や成猫は、感染しても症状が全く現われない場合がありますが、生後間もない子犬や子猫、シニア世代の老犬や老猫は、免疫力が弱く体力もありませんので、投薬後もすぐには良くならない場合があります。
そのような場合には、長期の投薬治療が必要になります。
また、下痢や嘔吐が長く続いており、衰弱がひどい場合には、点滴や療法食による療養も必要になります。
感染は、既に感染している母犬や母猫の糞便を介して、その子犬や子猫へとうつる場合が多いですが、感染宿主の体外に出たオーシスト（卵のような状態）には、効果的な消毒薬は無いと言われています。
そのため、既に感染している犬や猫が同居している場合には、糞便はすぐに処理するように気をつけて、トイレシートなども頻繁に取り替えるなど、生活環境を衛生的に保つ事が大切です。
そして、食器やケージなどは、頻繁に熱湯で消毒する必要があります。
多頭飼いなどで集団感染を起こさないためには、下痢や嘔吐を繰り返す犬や猫がいる場合には、すぐに病院で詳しい検査を受ける事が大切になります。
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